Корректно: Слова «Я скучаю по своей жене, по своей жене» сами собой приходили на ум.

Нужна запятая перед союзом и, соединяющим части сложного предложения: Тем не менее за два дня я успел отдохнуть, и мне хотелось продолжить дорогу самостоятельно.

Вы правы, определения неоднородны. Прилагательное вафельные относительное, а качественные прилагательные хрустящие и тонкие характеризуют предмет с разных сторон — текстуры и толщины соответственно.

От имени Геннадий действительно можно образовать два варианта отчества: Геннадиевич и Геннадьевич. Вы правы. Это зафиксировано, например, в «Русском орфографическом словаре» РАН, в «Словаре русских личных имен» А. В. Суперанской (там же – правила образования отчеств), в «Словаре русских личных имен» Н. А. Петровского:

Словарь русских имён

Если смысл предложения именно такой (была акция, все толкались, зацепили колготки, колготки порвались), тогда нужно тире, Вы правы. Тире ставится, если вторая часть бессоюзного сложного предложения содержит следствие, результат, вывод из того, о чем говорится в первой части. Но нельзя исключать и того, что это предложение действительно содержит перечисление событий дня, не связанных друг с другом. Тогда запятая оправданна.

Тоннель и туннель – равноправные орфографические варианты (т. е. это не разные слова, а разные варианты написания одного слова). В любом контексте возможно употребление любого из этих вариантов.

Наличие орфографических вариантов связано с историей слова: оно пришло к нам из английского языка, в котором словом tunnel был назван проход под Темзой, построенный французским инженером Брюнелем. В свою очередь английское tunnel, которое буквально означало 'дымоходная труба', восходит к французскому tonnelle – уменьш. от tonne 'бочка' (отсюда же, кстати, и слово тонна). В XVI веке слово tonnelle уже встречается во французских текстах в значении 'труба' (в частности, 'подземная труба'), развившимся, по-видимому, из значения 'бочка (лежащая на боку) без дна'.

В русском языке слово туннель (тоннель)  известно с середины XIX века, при этом различное написание уже тогда фиксировалось словарями.

Написание некоторых названий может различаться в зависимости от контекста. Правило таково: торговые названия продуктовых, парфюмерных и т. п. товаров, табачных изделий, марочных вин и других напитков заключаются в кавычки и пишутся с прописной буквы. Однако в бытовом употреблении (при передаче на письме обиходной речи) названия продуктовых и др. товаров пишутся без кавычек со строчной.

Таким образом, на ценнике, в меню и т. д. (там, где название используется как торговое), корректно: суп «Том-ям». В бытовой речи кавычки и прописная уже не нужны: из всех супов больше всего люблю том-ям.

Другие названия, выступающие как имена собственные, сохраняют прописную букву и кавычки во всех контекстах: пицца «Маргарита» (в меню), из всех пицц предпочитаю «Маргариту» (при передаче на письме бытовой речи).

Если какая-то часть составного наименования употребляется как самостоятельное слово с другим значением, это вовсе не является препятствием для ее склонения. Если мы говорим о наименованиях животных, насекомых, птиц, растений, то в этих наименованиях последовательно склоняются обе части, и бывают не только рыбы-молоты, но и рыбы-попугаи, журавли-монахи, жуки-олени и т. д.

Если оборот заключен в скобки, то стоящее в его начале или конце вводное слово отделяется запятой по общему правилу: Если не мешать рынку, то он сам сделает людей богатыми (по крайней мере, тех, кто готов работать и образовываться).