Слово естественно-научный образовано от основ, отношение между которыми носит подчинительный характер (естественные науки), но пишется через дефис. Это далеко не единственное исключение из правила (но, если можно так выразиться, самое «раскрученное»), ср.: гражданско-правовой (хотя гражданское право), уголовно-процессуальный (хотя уголовный процесс), лечебно-физкультурный (хотя лечебная физкультура). Дефисному написанию таких слов способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных (-н-, -енн-, -ск-).

Правило не категорично, оно гласит, что при существительных женского рода, зависящих от числительного два, определение чаще ставится в форме именительного падежа (или совпадающего с ним винительного при неодушевленных существительных) множественного числа. Сочетания с родительным падежом редко, но встречаются, ошибкой использование такой формы не будет. Но предпочтителен все-таки вариант В коробке было 6 красных ручек и 2 синие.

Прилагательное дубовый в своем первом значении относительное, наречие от него не образуется. У слова дубовый есть переносное разговорное значение ‘грубый, топорный, тяжеловесный’. От прилагательного в этом значении наречие возможно, ср. пример из языка прессы: Про связь политики и античной литературы писали и в советские времена, но очень дубово. Но подобное употребление вряд ли может быть предметом изучения в 4-м классе.

Учительница неправа. Порядок букв русского алфавита такой: Ъ Ы Ь. Русский алфавит с указанием названий букв см. на нашем портале здесь; алфавит приводится также в любом печатном словаре русского языка.

1. Правилен первый вариант. Но если важно сохранить начальную форму (чтобы у читателя не возникло сомнений - Ворбьёв или Воробьёво), то лучше написать в селе Воробьёво. 

2. В специальной литературе принято иллюстративный материал давать курсивом, а значения писать в одинарных кавычках (Тюркское алабуха означает 'окунь'), но в публикациях для широкого читателя Ваш вариант оформления возможен, также возможно набрать слово курсивом, а значение дать в обычных кавычках. 

Толковые словари указывают, что слово правописание значит то же, что и орфография. Но термин орфография может использоваться в разных значениях, в наиболее широком он включает в себя не только написание слов и их форм, но и пунктуацию. Такое широкое значение слова правописание поддерживается названием самого полного и авторитетного руководства по орфографии и пунктуации последней трети ХХ века — «Справочника по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя.

В корне приведенных Вами слов есть чередование, но это особый тип чередования: перед суффиксом -ова-(-ева-) появляется ударная а, хотя в других случаях пишется проверяемая о (ср.: опоздать — поздно — опаздывать, смотреть — смотр — высматривать, глотать — глотка — проглатывать). Такие корни описывают как особый случай основного правила о проверяемых безударных гласных и считают проверяемыми, но с ограничением на проверку: не проверять словами с суффиксом -ова-(-ева-). См., например, здесь.