В приведенных Вами примерах большая буква — также сигнал необычного значения. Для этой цели могут использоваться кавычки, однако при частом употреблении таких названий дополнительный двойной знак загромоздил бы текст. Выбрали более экономный способ, может быть зная о том, что в прошлом названия национальностей писали с большой буквы.

Корректно: С его именем связали массовые репрессии, получившие название сталинских.

Запятые можно поставить. Выделение оборотов с в соответствии факультативно (необязательно).

Ограничительно-выделительные обороты с предлогом за исключением обычно обособляются. Не обособляются они только в тех случаях, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу, но такие случаи очень редки. В Вашем примере оборот ограничивает по смыслу сочетание поездов дальнего следования всех категорий и обособление требуется: ...это правило будет распространяться на купейные, плацкартные и общие вагоны поездов дальнего следования всех категорий, за исключением скоростных поездов.

В таком случае точка нужна: Когда шар взмыл в небо, весь народ и даже тот, кто не был рядом с местом взлёта, «единой грудью кричали “Ур-р-ра!”». 

Верно: Кто же еще, если не Анна, в сговоре с Ольгой?

Вы правы, не следует игнорировать инициалы. Верно: о В. С. Антонове.

Правило звучит так: в названиях исторических эпох и событий, календарных периодов и праздников с прописной буквы пишется первое слово (которое может быть единственным). Слово исторических здесь ключевое: дело и в разной «историчности» события («войну токов» вряд ли можно назвать исторической эпохой, кавычки тут будут уместны), и в исторической дистанции (недавние события могут еще не осознаваться как исторические и не иметь статуса имени собственного). Например, Смута была давно, а перестройка была недавно; Смута уже точно осознается как название определенного периода в истории России, а годы перестройки в историографии будущего, возможно, станут частью какого-то другого, более обширного исторического периода. 

Часто на написание влияет идеология: например, еще совсем недавно требовалось писать первая мировая война, вторая мировая война, и только начиная с 1990-х эти названия исторических событий стали оформляться по общему правилу. Кроме того, на словарную фиксацию может влиять практика употребления, а она тоже может меняться, особенно если речь идет о событиях недавнего прошлого. Так что написание названий исторических событий, по-видимому, обречено на внутренние противоречия — в силу специфики самого материала.

Верно слитное написание: непражские рецепты. Не пишется слитно с существительными и прилагательными, если они в сочетании с не обозначают непринадлежность к какому-либо разряду лиц или явлений.

Грамматически оба варианта корректны, но определяемое слово стоит слишком далеко от причастия, и это затрудняет восприятие. Можно поставить скобки, тогда читателю будет проще понять мысль автора: ...а также с оживающими в середине фильма (чтобы в финале помереть снова, и на сей раз окончательно) вроде бы уже мёртвыми злодеями.