Правильно, конечно же, шофёр. Аргумент только один – ссылка на любой нормативный словарь русского языка.

Вы верно оформили предложение. В данном случае прямая речь выполняет функцию приложения при существительном слова. Её следует заключить в кавычки, но двоеточие перед ней не ставится (см. параграф 138 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Слово редактируемость возможно, однако отнести его к известным и часто используемым нельзя, что и объясняет его отсутствие в словарях.

Да, правильно слитное написание уранбериллиевый. По аналогии с зафиксированными в словарях прилагательными уранграфитовый, уранванадиевый, уранмолибденовый, уранплутониевый и другими слово уранбериллиевый следует писать слитно.

Запятая перед одиночным союзом и, соединяющим части сложного предложения, не ставится, если они имеют общую, поясняемую ими, часть сложного предложения.

Правильно: всматриваться в даль (раздельно). Дело в том, что глагол всматриваться требует постановки предлога перед управляемым существительным.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Верно: задолженность по пене. В дательном падеже слово пеня имеет окончание -е. Обратите внимание, что в значении 'штраф' это слово обычно употребляется во множественном числе, корректный вариант: задолженность по пеням.