Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Запятая перед союзом и не ставится потому, что это две главные части при одном придаточном когда торговля приходила в упадок. Добавим, что после первой части сложной синтаксической конструкции предпочтительно двоеточие — знак, выражающий отношения пояснения: Но бывали и другие времена: когда торговля приходила в упадок, тогда живописные изображения исчезали с вывесок и на них оставались только скупые надписи.

Написание аналогичное. См.:  Как писать слова, связанные с церковью?

У этих слов разное значение. Вперемежку = поочередно, чередуя. Вперемешку = беспорядочно, смешиваясь. В приведенном Вами примера можно использовать оба слова, но с разным значением.

Правила рубрицирования текста есть в "Письмовнике" на нашем портале.

Когда он увидел балет – это придаточное. Но такое, изъятие которого из предложения невозможно без нарушения его структуры. Поэтому запятая не ставится (см. «Правила», § 142). Ср.: ...французский посол писал, что, когда он увидел балет, был потрясен талантом крепостных людей.

Между союзом и в начале предложения и следующим за ним подчинительным союзом запятая, как правило, не ставится: И когда поняла, что скоро её жизнь подойдёт к концу из-за болезни, решила написать свою последнюю работу. Случаи, когда союзы разделены частицей, в справочниках не описаны. Полагаем, что в приведенном примере частица вот акцентирует скорее главную часть, нежели придаточную, поэтому запятую после частицы нужно поставить: И вот, когда Лидии не стало, я нашла эту картину на чердаке в её доме.