Слова департамент и управление пишутся с прописной как первое слово официального названия: Департамент налоговой полиции РФ, Управление делами Президента РФ. В остальных случаях корректно написание со строчной: начальник управления, директор департамента.

1. Возможны варианты: ж.-д. вокзал и ж/д вокзал.

2. Согласно действующим правилам правописания, принятым в 1956 году, верно только написание прийти, идти. Варианты придти, притти, итти можно встретить в книгах, вышедших в свет до 1956 года. 

Правильнее написать с точкой: «Приключения Смита. В плену у динозавров». Если оставить двоеточие, то вторую часть следует писать со строчной буквы: «Приключения Смита: в плену у динозавров».

Правильно: берш (через е, не ё). См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012; Биологический энциклопедический словарь. М., 1989. (В обоих изданиях буква ё в заголовочных словах в случае ее наличия пишется.)

Да, существительное мюли действительно стало склоняемым — по аналогии с другими названиями обуви: туфли, тапки, сандалии и т. п. 

Правильно: мамы-Верин халат, дяди-Лёшин портфель.

С прописной буквы пишется вторая часть сложных прилагательных типа дяди-Васин, дяди-Стёпин, тёти-Валин, бабы-Дусин и обе части прилагательных типа Иван-Иванычев, Анны-Петровнин. См. параграф 166 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. 

Инициалы – это графические сокращения имени и отчества. Графическое сокращение означает, что при прочтении слово читается полностью: мы не читаем [и-и-иванов], мы говорим либо просто Иванов, либо Иван Иванович Иванов.

В живой речи имя и отчество практически всегда предшествует фамилии (исключение – бюрократическая, канцелярская речь). Хорошая традиция – перенести этот принцип и в письменную речь.

Естественно, исключением останутся пофамильные алфавитные перечни, в которых фамилия играет организующую роль и предшествует инициалам.

Дело не в том, от топонимов ли образованы интересующие Вас названия, а в том, являются ли они именами собственными или уже перешли в разряд нарицательных. Ср. плащ болонья (от названия города Болонья), наган (первоначально: револьвер систимы Нагана; по имени изобретателя) и т. п. 

В настоящее время корректно: соус "Нью-Йорк", картофель "Айдахо" (и картофель айдахо — по аналогии с картофель фри), узел "Аскот". 

Можно использовать оба слова в значении "помещение для отправления естественных надобностей". При этом словари первой половины 20-го века рекомендовали использовать слово туалет в качестве замены для слова уборная, если речь шла о соответствующем помещении в театрах, кино, ресторанах (мужской туалет, дамский туалет), сегодня это различие словарями не отмечается.

Вы правы. Женские имена на -ия, в которых я безударное, имеют в дательном падеже окончание И: Марии, Лилии, Виктории. Однако личные имена восточного и иного происхождения, оканчивающиеся на ударное я, имеют в дательном падеже окончание Е: Зульфия – Зульфие, Алия – Алие. Это правило изложено в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006), «Словаре русских личных имен» А. В. Суперанской (М., 2004) и мн. др. источниках.