Правильно: Ученик может ответить на вопрос, не дожидаясь, пока его спросят. Придаточная часть зависит от деепричастия, которое входит в состав главной части.

Действительно, ни под одно «запретительное» правило переноса данные слова не подходят. А все, что не запрещено, должно быть разрешено. Но мы согласимся с Вами: такие переносы производят впечатление неправильных, хотя и утверждать, что здесь нарушено правило, у нас нет оснований. Наш совет – все-таки не переносить такие слова.

Корректно: министерство чего-либо (но: министерство по делам гражданской обороны и т. д.). Названия российских министерств пишутся с прописной буквы.

Такое слово существует.

Вы задаете непростой вопрос. Действительно, со слова например начинается пояснительный оборот. Вводные слова, стоящие в начале обособленного оборота, от самого оборота запятой не отделяются, чтобы читателю было понятно, что вводное слово относится именно к обороту, а не к предшествующему тексту. Но в Вашем примере сам оборот графически оформлен как самостоятельное предложение (такое явление называется парцелляцией). Подобные ситуации в справочниках по пунктуации не описаны. При этом указано, что, выделяя оборот скобками (т. е. более сильным знаком), запятую после вводного слова ставить нужно (например, как здесь). Полагаем, что после точки, как и после скобки, обособление вводного слова предпочтительно. 

Вопрос зачем? — это вопрос о цели того или иного действия, вопрос почему? — вопрос о причине. Так что Вы совершенно правы в своих рассуждениях, только дело не в наличии/отсутствии отрицания, а в логике высказывания. 

Запятые, отделяющие сравнительные обороты, нужны, корректно:

Скрипичный ключ открывает сотнями
Сердца, как двери, глаза, как форточки,
Срывает «Браво!», слезу бессонную,
Девичьи планы, цветы и кофточки.

Корректно: ставка НДПИ для газа; НДПИ при добыче газа. В разговорной речи и публицистике возможно сочетание НДПИ для газа.

Обособление факультативно.