Вводное слово например в начале обособленного оборота, в данном случае пояснительного, не отделяется от него запятой: Политические кризисы бывали там и покруче, например Уотергейтский.
Сочетание вместе с тем не вводное, запятая после него не ставится: Вместе с тем если должник знал, что владелец ценной бумаги не является надлежащим обладателем права на ценную бумагу, он обязан возместить убытки, причинённые правообладателю.
О словах тоже и также обычно пишут как о сочинительных соединительных союзах. Так обычно и в школьных учебниках. И если отталкиваться от этих представлений, то перед нами два сложносочиненных предложения.
Однако у этих слов есть важная особенность: в строго нормативной речи им запрещена позиция между связываемыми частями сложного предложения. Между тем прототипические сочинительные соединительные (и не только) союзы обязаны занимать именно такую позицию: предложение *Взошло солнце, повсюду запели и птицы любой носитель русского языка оценит как аномальное. Если учитывать эту особенность, слова тоже и также можно квалифицировать как функциональные аналоги союзов (именно так сделано в академической «Русской грамматике»). Это означает, что они уже прошли бо́льшую часть пути от местоимений с частицами к союзам, но до конца этого пути им еще далеко.
Однако и при такой квалификации этих слов предложения остаются сложносочиненными: отличие от классических сложносочиненных только в том, каким средством оформляется сочинительная связь.
Слово персонаж в единственном числе склоняется как неодушевленное существительное (ввести комический персонаж). Во множественном числе закономерность такая: при употреблении в знач. «действующие лица» это слово ведет себя как неодушевленное существительное (т. е. винительный падеж совпадает с именительным: ввести новые персонажи), но в знач. «люди» персонаж употребляется как одушевленное существительное (т. е. винительный падеж совпадает с родительным: Чичиков напоминает реальных персонажей).
Прототип – неодушевленное существительное в знач. «первоначальный образец, прообраз чего-л.»: вижу прототип нового оружия. В знач. «лицо, послужившее автору оригиналом для создания литературного образа» прототип может употребляться как одушевленное существительное.
Возможны оба варианта, предпочтительно: не меняя внешность.
Предпочтительно с запятой.
Правильно: в созданном им институте (предложный падеж). Но: созданным им институтом (творительный падеж).
Например, один – первый, два – второй...