У местоимений некого и нечего нет форм именительного падежа, а форма винительного падежа совпадает с формой родительного. В выражении делать нечего местоимение стоит в форме винительного падежа.
В единственном числе винительный падеж совпадает с родительным не у всех одушевленных существительных, а только у слов мужского рода второго (по школьной грамматике) склонения: вижу кота – нет кота. У слов женского и среднего рода, у слов мужского рода первого (по школьной грамматике) склонения в единственном числе винительный падеж с родительным не совпадает (несмотря на то что эти существительные одушевленные): вижу кошку – нет кошки, вижу насекомое – нет насекомого, вижу папу – нет папы. А вот во множественном числе винительный падеж совпадает с родительным у одушевленных существительных всех родов и типов склонения (кроме несклоняемых): вижу котов – нет котов, вижу кошек – нет кошек, вижу насекомых – нет насекомых.
Категория одушевленности выражается не так. Одушевленные существительные имеют совпадающие окончания множественного числа винительного и родительного падежей, а для существительных мужского рода второго (по школьной грамматике) склонения это распространяется и на единственное число. Ср.: вижу мальчиков — нет мальчиков, вижу мальчика — нет мальчика. Винительный падеж совпадает с родительным.
Неодушевленные существительные имеют совпадающие окончания множественного числа винительного и именительного падежей, а для существительных мужского рода второго (по школьной грамматике) склонения это распространяется и на единственное число. Ср.: вижу ковры — старинные ковры, вижу ковёр — старинный ковёр. Винительный падеж совпадает с именительным.
Конференция — неодушевленное существительное, во множественном числе винительный падеж совпадает с именительным (ненавижу конференции), всё логично.
"50 граммов лимона" - такую фразу ни разу не встречали. Можно отрезать ломтик лимона, половину лимона, четверть лимона и т. п.; можно использовать лимонную цедру и лимонный сок - тогда, действительно, речь пойдет о граммах. Но Вы действительно правы в том, что если речь идет о части предмета, то существительное, обозначающее этот предмет, будет использоваться в форме единственного числа.
Правильно: на оборудовании, имеющем... (предложный падеж). Ср.: оборудованием, имеющим... (творительный падеж).
Правильно: он одел ребенка, он надел перчатки, он надел перчатки ребенку.
Правильно: в созданном им институте (предложный падеж). Но: созданным им институтом (творительный падеж).
Правильно: В соответствии с Положением... утвержденным... (творительный падеж). Ср.: в Положении... утвержденном... (предложный падеж).
Правильно: в соответствии с разъяснением, опубликованным (творительный падеж). Ср.: в разъяснении, опубликованном (предложный падеж).