Во второй части предложения (после но) подлежащее и сказуемое выражены существительными. Однако тире между ними не ставится, поскольку перед сказуемым есть частица вовсе и отрицание. Таким образом, верная пунктуация: Они действительно обладают отличной выносливостью, но причина этого вовсе не врожденная способность.

Верная пунктуация: Ерофеева А. Ф. позвонила на горячую линию, чтобы уточнить, не является ли отказ банка в выдаче кредита без объяснения причин нарушением прав потребителя.

Вы правы, здесь тот же случай, что и с кубиком Рубика. И тем не менее словари (см., напр., «Русский орфографический словарь» Российской академии наук) фиксируют: кубик Рубика, но: сетка-рабица.  По-видимому, дело здесь в том, что кубик Рубика – сравнительно недавное изобретение (1970-е), в то время как изобретение Рабица относится к XIX в. Иными словами, то, что Рубик – имя изобретателя, мы еще помним, а про изобретателя Рабица уже забыли. Впрочем, надо отметить, что в разговорной речи существует вариант кубик-рубик, возможно, когда-нибудь он будет основным.

Верно: Кто же еще, если не Анна, в сговоре с Ольгой?

Слова фаджр, зухр, аср, аср-намаз не зафиксированы в академическом орфографическом словаре. Специалисты по арабскому языку рекомендуют писать их со строчной буквы, так как они не воспринимаются как собственные имена, по значению и функции они ближе к определениям-прилагательным типа утренний, вечерний.

Правильно: одна две тысячи пятисотая секунды. Это порядковое числительное, а у составных порядковых числительных склоняется только последнее слово, остальные слова не изменяются. Например: двадцать первый день, пятьсот сороковой посетитель.

Обстоятельственные обороты «при наличии (чего-либо)» могут обособляться с целью интонационно-логического выделения. Решение принимает только автор текста. Отсутствие обособления ошибкой, конечно же, не будет.

Ограничительно-выделительные обороты с предлогом за исключением обычно обособляются. Не обособляются они только в тех случаях, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу, но такие случаи очень редки. В Вашем примере оборот ограничивает по смыслу сочетание поездов дальнего следования всех категорий и обособление требуется: ...это правило будет распространяться на купейные, плацкартные и общие вагоны поездов дальнего следования всех категорий, за исключением скоростных поездов.

Запятая между неоднородными определениями, выраженными прилагательным и причастием, не ставится: В руке он держал конец верёвочки, а к другому концу верёвочки была привязана за ногу старая взлохмаченная ворона. Правило, о котором Вы говорите, касается взаимного расположения определений, выраженных прилагательным и причастным оборотом.