Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Правильно: чувствовал во всех случаях. Очень странно, что программа диктанта не засчитала правильный вариант. Сейчас проверили: в коде диктанта все верно, в качестве правильного предлагается вариант чувствовал.

Корректно: в Швейцарских Альпах (так как это официальное название региона). В остальных случаях корректна строчная буква: турецкий Стамбул, австрийский Зальбург и т. п. 

В принципе, Вы рассуждаете верно, однако, на наш взгляд, причинно-следственная связь здесь не слишком очевидна, поэтому рекомендуем более простой вариант:

Я был бы счастлив видеть чаще,
Как в ней соединяются твои уста.
Нет ничего твоей улыбки слаще,
И с нею жизнь кажется проста.

Мне трудно подобрать слова,
Чтоб описать, как ты красива.
С тобою рядом идёт кругом голова,
И в сердце происходят чувств приливы.

Стигматы (греч. "клеймо, укол, рубец, знак, пятно") — покраснения на коже, кровавые подтеки, язвы, непроизвольно возникающие на телах искренне верующих людей в тех местах, где, согласно Библии, у распятого Иисуса Христа находились раны от тернового венца и гвоздей.

Словосочетание гражданская война пишется строчными как родовое название, определяющее характер войны (в этой стране высока вероятность гражданской войны). С прописной пишется первое слово этого названия, если речь идет об историческом событии: Гражданская война в России 1918–1920, Гражданская война в США 1861–1865.

Запятые нужны: Я проснулась, как обычно, в 9 часов утра.

Вы правы, у причастия есть зависимые слова, поэтому следует писать раздельно.

См. ответ на вопрос № 176838.

Это не обращение.