1. При официальном титуловании правильно: Папа Римский, в остальных случаях (в неофициальных контекстах) верно написание строчными.
2. При переносе буквы не исчезают: сверхъ-естественный.

Подписи под рисунками, как и заголовки, пишутся с прописной буквы.  

Однозначных рекомендаций на этот счет в справочной литературе не содержится, а в практике письма наблюдается разнобой. По-видимому, окончательное решение следует оставить за автором или редактором текста. Принимая решение, нужно учитывать, насколько удобен будет для читателя тот или иной формат выделения, не перегружен ли текст в целом кавычками и т. д. Скорее всего, в большинстве случаев написание в кавычках будет уместным, особенно если это текст справочного характера: «5» ставится, если...; оценка «5» ставится, если... В художественном тексте, возможно, стоит предпочесть словесный вариант.

Такой пример не только в словаре Ушакова, но и во многих других толковых словарях. Сочетания по дорогой цене, по дешевой цене зафиксированы как нормативные в «Большом толковом словаре русского языка» С. А. Кузнецова, в «Русском толковом словаре» В. В. Лопатина и Л. Е. Лопатиной; значения «о цене: высокий», «о цене: низкий» зафиксированы у слов дорогой и дешевый в «Толковом словаре русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой... Следует признать, что эти сочетания соответствуют литературной норме (с некоторым оттенком разговорности).

Не зря в значении "не напрасно" пишется раздельно. Наречие не требует обособления.

Если имеется в виду деепричастие от глагола зреть — то же, что "не глядя", то оно также пишется раздельно с не, но обособляется.

Такие конструкции не ошибочны. Это не калька с английского, здесь используется обычный для русского языка стилистический прием – метонимия (перенос значения по принципу смежности понятий). Статья призывает = автор статьи призывает.

В сочетаниях типа все не так плохо, все равно, где понятно из ближайшего контекста, что читать нужно всё, букву ё вполне можно не писать.

Лучше: ...было удовольствием.

Слово неувядаемый не является страдательным причастием. Это отглагольное прилагательное. Страдательные причастия настоящего времени образуются от переходных глаголов несовершенного вида. При этом слово является причастием, если при нем возможен творительный падеж действующего субъекта (читаемый мною, любимый всеми). Если хотя бы одно из названных условий не соблюдено, слово на -емый, -имый следует считать прилагательным (в данном случае прилагательное образовано от непереходного глагола увядать). Эти прилагательные часто содержат приставку не-, передающую значение невозможности осуществления соответствующего действия. Среди этих отглагольных прилагательных есть небольшая группа слов, которая синонимична действительным причастиям настоящего времени, образованным от тех же глаголов, на чем и основана иллюзия, что страдательное и действительное причастия значат одно и то же: неувядаемый и неувядающий, неумолкаемый и неумолкающий, неугасаемый и неугасающий, несгораемый и несгорающий. Сюда же можно отнести и слова независимый и незначимый.