Это название склоняется. Верно: Приехал в Кызыл-Кию.

Корректна форма единственного числа. 

В первом предложении не требуется запятая перед словами или если оно недостаточно. В остальном знаки препинания расставлены верно.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре (а также от составных числительных, оканчивающихся на указанные цифры), определение, находящееся между числительным и существительным, в современном языке ставится, как правило, в форме именительного падежа множественного числа.

Верно: выбери две свои лучшие и худшие характеристики.

Нужно указать выходные данные оригинального издания. Полагаем, что библиографическое описание можно дать на японском языке (если позволяют технические возможности) или перевести на русский. Эти нюансы нужно обсудить с издательством, в котором будет опубликована Ваша научная работа. 

Корректно написание со строчной буквы: южная столица Кузбасса. Это описательный оборот, он пока не воспринимается как образное название.

Для конструкций типа брат с сестрой допускается постановка сказуемого как в форме множественного, так и в форме единственного числа. Форма множественного числа сказуемого показывает, что действие, обозначаемое сказуемым, в равной мере приписывается всем действующим лицам. Форма единственного числа сказуемого показывает, что обозначаемое сказуемым действие приписывается первому из названных действующих лиц. Однако на наш взгляд в данном случае лучше выбрать форму множественного числа, так как действующих лиц много. В этом случае и обособление оборота вместе с двумя иноками Варлаамом Яцким и Мисаилом Повадиным не нужно. 

Такой знак выделять полужирным не нужно: знаки препинания на стыке выделенного текста с невыделенным внутри фразы не выделяют, если они относятся в равной степени и к выделенному, и к невыделенному предшествующему и последующему тексту.

Прилагательное перелетный образуется от существительного перелет с помощью суффикса -н- (перелетные птицы — это птицы, совершающие перелеты, то есть сезонные массовые перемещения в места зимовок и обратно).

Сочетание школа третьего возраста можно использовать как описательный оборот, называющий тип организации (ср: музыкальная школа, спортивная школа), а можно как название. В первом случае все буквы строчные, во втором нужно писать с прописной слово Школа.