Запятая нужна: Агент, бывший в употреблении.
Существительное путь относится (по школьной грамматике) не к 2 склонению, а к разносклоняемым существительным. Это особая группа слов, разные падежные формы которых имеют окончания, характерные для различных типов склонения. К разносклоняемым существительным, помимо слова путь, относятся 10 слов на -мя (время, имя, темя, бремя, семя, племя, стремя, вымя, знамя, пламя). В научной грамматике разносклоняемые существительные рассматриваются как особая группа слов в пределах 3-го склонения.
Особенность изменения слова путь по падежам состоит в том, что в родительном, дательном и предложном падеже оно имеет окончание -и, как в 3-м склонении, а в творительном падеже – окончание -ем, как у слов 2-го склонения. Объясняется это тем, что слово путь уже в древности принадлежало к особому типу склонения (слова с основой на -ь), из которого впоследствии сформировалось современное 3-е склонение существительных. К этому же типу принадлежало, например, и слово гость, и ряд других слов, впоследствии перешедших в 2-е склонение.
Почему же слово путь осталось в 3-м склонении? Лингвисты полагают, что произошло это вследствие того, что в языке к тому времени уже закрепилось устойчивое сочетание счастливого пути, которое и помешало переходу слова путь во второе склонение (иначе было бы: счастливого путя, ср.: счастливого гостя).
Правильное сокращение: и. о. (и. о. генерального директора, и. о. заместителя генерального директора).
Ваш вариант пунктуации верен, запятая перед союзом И не нужна.
В значении 'объяснение, оправдание какого-л. действия' корректно: мотивация чего-л. Значения 'побуждать к чему-л.' у глагола мотивировать (мотивация < мотивировать) не зафиксировано.
Думаем, что такой оборот возможен.
Да, первое слово в названии должности в шапке письма и в подписи пишется с прописной буквы. Обратите внимание: название должности министр пишется со строчной буквы, поэтому правильно: Заместителю министра...
Женские личные имена восточного происхождения, оканчивающиеся на ударный -Я, имеют в дательном и предложном падеже окончание -Е. Правильно: Альфия – Альфие. Вариант Альфии будет правилен только в том случае, если ударение в имени падает на А.
На наш взгляд, предложенные Вами варианты не совсем корректны. Возможный вариант: Как говорится, одна голова хорошо, а две лучше, поэтому управляют мини-государством сразу два капитана-регента.
Нормативно: обо всех.
 
                         
                 
                         
                         
                        