Строгой литературной норме соответствует второй вариант. Подробнее см. в разделе «Азбучные истины».
Запятая нужна. При этом само указание на номер и том уместно заключить в скобки, потому что в этом указании существительные не в предложном падеже, в отличие от словоформы в журнале: Документ опубликован в журнале «Вестник» (№ 1, том 2). Сравним вариант с уточняющими обстоятельствами: Документ опубликован в журнале «Вестник», в № 1, в томе 2.
Возможны варианты: стопроцентной, 100-процентной, 100 %-ной и 100 %-й.
Вопрос шрифтового выделения слов и фраз в тексте не регламентируется справочниками по правописанию. В этом вопросе автор должен руководствоваться принципом уместности, например подумать о том, не затрудняет ли восприятие текста частое использование прописных букв. Возможно, для отражения эмоций персонажа будет достаточно некоторых экспрессивных слов и знаков препинания?
Точка не ставится.
Устоялось такое написание этого сокращения: врио (строчными, без точек).
Правильно: врио.
Правильное написание: врио.
