Корректно: Такие исследователи, как В. И. Пантин, М. В. Ильин, Я. А. Пляйс, дали всесторонний анализ модернизационных процессов, происходящих в России.

О пунктуации при словах такой как см. в «Справочнике по пунктуации».

Такой прием называется повтором. Повтор начала и конца синтаксической конструкции называется кольцом (обрамлением, рамкой).

Слово конечно в этом предложении является вводным. Вообще, случаи, когда оно не вводное, редки. Так, в параграфе 96 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина приведен единственный пример: Вы конечно же прочитаете эту книгу («обязательно», значение усиления). В «Справочнике по пунктуации» отмечается: «При употреблении в ответной реплике, произносимой тоном уверенности, убежденности, слово «конечно» может не обособляться: «Это правда?» – «Конечно правда!» Как видим, слово конечно бывает невводным, когда оно несет на себе фразовое ударение в высказываниях, произносимых тоном подчеркнутой уверенности, убеждености.

В приведённом предложении запятые расставлены правильно. 

«Большой орфоэпический словарь русского языка» рекомендует в слове факторинг делать ударение на втором слоге. Другие источники допускают два варианта ударения: на первом слоге и на втором. Слово рефакторинг пока не зафиксировано в словарях, но при постановке ударения в нем можно применять аналогичный подход.

Данная ситуация правилами не описана. Нужно пользоваться привычными для читателя средствами, чтобы текст был понятен. Набор курсивом — неудачное решение. Качество звука нужно описать лексическими средствами, а диалог оформить традиционным способом.

— Алло, это ты, что ли?

— Ага, кто же ещё, — потрескивающим из-за плохой связи голосом сказал Гена.

— И где ты?

— А, ну это, — неуверенно начал он, — в Москве, ясное дело.

— Чего?

— Ну, в Москве. — Гене явно было немного неловко. — А я не говорил разве?

Для ответа на Ваш вопрос контекст недостаточен: так может быть местоименным наречием в значении "именно таким образом, не как-нибудь иначе" (в этом случае запятая не нужна), но может быть и вводным словом в значении " к примеру, в частности" (в этом случае запятая нужна). 

Ваша логика рассуждений безупречна и подтверждается данными «Национального корпуса русского языка»: оба сочетания достаточно употребимы, хотя складной стул преобладает. См. здесь и здесь.

Ответ см. в рубрике «Горячие вопросы».