В данном предложении запятая перед союзом и ставится потому, что обстоятельство на темном небе относится только к первому простому предложению (сверкнула яркая молния), а оглушительный гром раздался после и в небе.  

Поскольку сочетание аж до костей пробирает связано со сказуемым холодный отношениями следствия, в предложении нужно поставить тире: Воздух свежий, словно его только что постирали, и холодный — аж до костей пробирает. 

В значении «утратить свежесть, начать портиться с поверхности под действием воздуха» правильно: заветреть и заветриться. Академический орфографический словарь допускает только такие варианты, а он главный в решении орфографических вопросов.

В данном случае обстоятельство в тот же миг относится только к первой части сложносочиненного предложения: действия, о которых идет речь, происходят не одновременно, а последовательно, на что указывает совершенный вид глаголов-сказуемых. 

Да, название должно быть выделено, но достаточно одного способа выделения. Если Вы выбрали написание прописными, то кавычки уже не нужны. Если прописные убрать, нужно поставить кавычки: Нажмите кнопку «Система».

Верны оба варианта, выбор зависит от задач автора текста. В первом случае речь идет только о Москве и ее границах, во втором сочетании подразумевается еще какой-то объект, который граничит с Москвой.

У глагола пробудиться в значении 'возникнуть, обнаружиться, проявиться' корректна форма пробуди́тся и допустим более новый вариант пробу́дится, а в значении 'проснуться' — только пробу́дится.

Слово суть может употребляться не только как существительное, но и как связка (бывшая форма мн. ч. 3-го л. глагола есть): Понятия, принимаемые почти всеми историками, суть свобода, равенство, прогресс, цивилизация, культура.

Действительно, второй вариант является наиболее употребительным в документации. Кавычки уместны и когда шифр отсутствует: направление подготовки "Ветеринарно-санитарная экспертиза".

Оснований для постановки запятой нет.