Вы написали правильно: за Краковом. В этом можно убедиться, воспользовавшись «Словарем собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко или «Письмовником» (рубрика «Пушкиным или Пушкином?»).

Да, это будет ошибкой.

При оформлении прямой речи вопросительный и восклицательный знаки, а также многоточие ставятся перед закрывающими кавычками, а точка — после них. Правила не предусматривают постановки вопросительного знака внутри прямой речи и точки после.

Если слово с отрицанием оформилось как термин, называющий одну часть при дихотомическом делении целого, то корректно слитное написание. Ср.: существует два вида глагола — совершенный и несовершенный; определения могут быть либо согласованными, либо несогласованными; предложения по признаку распространенности — либо распространенными, либо нераспространенными.

Существительным километр управляет слово тысяча, которое по своим грамматическим свойствам является существительным. Форма управляемого существительного во всех сочетаниях с главным словом тысяча сохраняется: тысяча километров, в тысяче километров, в двух тысячах километров, двумя тысячами километров, но в двух километрах, двумя километрами (два — числительное, а в формах косвенных падежей числительное согласуется с существительным, а не управляет им). О грамматических свойствах числительных и слов тысяча, миллион, миллиард и т. п. можно прочитать в учебниках русской грамматики, например в учебнике Е. И. Литневской на нашем портале.

Да, это словосочетание.

Пришлось ждать - это главный член предложения, к нему не ставятся вопросы.

Никогда не доводилось слышать о таком правиле (про живых и умерших). Фамилия пишется перед именем и отчеством (или инициалами) в алфавитных пофамильных списках, в библиографии. В остальных случаях имя и отчество (а также инициалы) пишутся перед фамилией.

«В пополаме» примеры не случайно: здесь возможна форма как единственного, так и множественного числа сказуемого. Подробные правила приведены здесь: Единственное и множественное число сказуемого. 

Между союзами ЧТО и КОГДА запятая не ставится из-за наличия соотносительного слова ТО.

Использование прописных букв в указанных контекстах не нужно.