В вашем предложении знаки препинания расставлены верно. 

Оба приведенных варианта допустимы, но предпочтителен первый из них: тире в бессоюзной конструкции лучше отражает смысловые отношения между ее частями. А еще лучше их отражает двоеточие, поскольку это отношения пояснения: Если честно, получилось как в столовой: гарнир вкусный, мясо не очень. Если автор намерен подчеркнуть противопоставление двух последних частей конструкции, он может использовать тире: Если честно, получилось как в столовой: гарнир вкусный — мясо не очень.

Тире между подлежащим и сказуемым в двух последних частях конструкции допустимо, если в другом месте предложения не поставлено тире, например: Если честно, получилось как в столовой: гарнир — вкусный, мясо — не очень.

Да, в данном предложении в конце концов является наречием (со значением «после всего, в результате всего») и не должно выделяться запятыми.

В формах именительного и винительного (когда он совпадает с именительным) падежей главным словом является количественное числительное, синтаксическая связь — управление. В формах косвенных падежей (включая винительный, когда он совпадает с родительным) главным словом является существительное, синтаксическая связь — согласование.

Наречие как минимум само по себе не требует обособления. В приведенном предложении запятая перед ним поставлена потому, что оно находится в начале обособленного (присоединительного) оборота.

Приводим ссылку на правило из полного академического справочника под редакцией В. В. Лопатина:

§ 5. При смысловом подчеркивании отдельных членов вопросительного или восклицательного предложения знаки препинания ставятся после каждого из членов, которые оформляются как самостоятельная синтаксическая единица, т. е. начинаются с прописной буквы: — Что вас привело к ним? — неожиданно бытовым, ворчливым голосом спросил он. — Недомыслие? Страх? Голод? (А. Т.); — Где же те силы, которые питают национальный дух и делают русского русским, узбека узбеком, а немца немцем? Природа? Среда обитания? Вообще среда? Язык? Предания?История? Религия? Литература и вообще искусство? И что тут стоит на первом месте? (Сол.); — Аннушка, наша Аннушка! С Садовой! Это ее работа! (Булг.).

Однако прописные буквы заменяются строчными, если перед перечислением стоят знаки двоеточие или тире (впереди имеется обобщение): Всё отвергал: законы! совесть! веру! (Гр.);
Она спросила, кто он, не француз ли, и стала по его просьбе гадать: бельгиец? датчанин?  голландец? (Наб.).

За сегодня – корректное сочетание. Слово сегодня употребляется здесь как неизменяемое существительное среднего рода в значении 'этот, сейчас идущий день'.

Лучше перестроить предложение: В случае утери или порчи документ не теряет своей юридической силы.

Запятая нужна, если слова таким образом  употреблены как вводные в значении 'следовательно'. Если же эти слова употреблены в прямом значении (то же, что 'таким способом'), запятую ставить не надо.