Правильно: Дело в том, что... А где разнобой?

Предложение составлено неверно. Неясно, к чему относятся слова по следующему делу. Вот возможный вариант начала предложения: В деле отсутствуют документы (не подшиты и не вложены в дело, не представлены проверяющим), подтверждающие направление сообщения в военкомат о вступившем в законную силу приказе...

Ответы даны по книге «Грамматическая правильность русской речи. Стилистический словарь вариантов» (авторы: Л. К. Граудина, В. А. Ицкович, Л. П. Катлинская). На её основе была составлена и статья в «Письмовнике» на нашем портале.

В официальных документах и в СМИ принято написание без о: Паралимпийские игры, Паралимпиада, паралимпийцы. Но в 4-м издании «Русского орфографического словаря» (М., 2012, это последнее на данный момент печатное издание словаря) зафиксировано: Паралимпиада и Параолимпиада. Соответствующие варианты предлагает и электронная версия словаря на нашем портале.

Написание слов, связанных с Паралимпийскими играми, действительно испытывало и испытывает колебания. Так, в предыдущем печатном издании «Русского орфографического словаря» (М., 2005) было зафиксировано только написание Параолимпиада. «Казалось бы, это логично, — писала Марина Королёва. — Ведь речь в данном случае идет о сложном слове, состоящем из двух частей: известном нам прилагательном олимпийский и пара- (от греческого para — возле, около, при). Первая часть, пара-, указывает в сложных словах на то, что нечто находится рядом, около. Или же на отклонение от чего-либо (паранормальный, парамагнитный). Параолимпийские игры — это спортивные состязания, те же Олимпийские игры, но для инвалидов, людей с ограниченными возможностями. Проводятся по традиции следом за Олимпийскими играми, с некоторых пор даже в тех же городах. Пара-олимпийский: просто и ясно». О первых случаях появления в официальных документах вариантов Паралимпиада, Паралимпийские игры В. В. Лопатин, ответственный редактор «Русского орфографического словаря», председатель Орфографической комиссии РАН, говорил так: «У нас появилась Лимпиада».

Однако Федеральным законом от 9 ноября 2009 г. № 253-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» (принят Государственной Думой 21 октября 2009 года, одобрен Советом Федерации 30 октября 2009 года) установлено единообразное использование в законодательстве Российской Федерации слов паралимпийский и сурдлимпийский, а также образованных на их основе словосочетаний: Паралимпийский комитет России, Паралимпийские игры и др. Это связано с написанием, принятым в других языках (ср. англ. Paralympic Games, фр. Jeux Paralympiques). Вот справка Государственно-правового управления к Федеральному закону от 9 ноября 2009 г. № 253-ФЗ: «В законах и подзаконных актах, принятых до вступления в силу Федерального закона от 4 декабря 2007 года № 329-ФЗ „О физической культуре и спорте в Российской Федерации“, в написании этих слов использовалась буква „о“, а именно: „параолимпийский“ и „сурдоолимпийский“. В названном Федеральном законе написание указанных слов приведено в соответствие с правилами, установленными международными спортивными организациями, что потребовало внесения необходимых изменений в ряд законодательных актов».

Эта корпорация сокращенно называется Роснанотех или ГК "Роснанотех". Именно такого написания и следует придерживаться. Это название может употребляться как существительное мужского и женского рода.

Запятая действительно нужна, и именно потому, что это сложноподчиненное предложение. В нем придаточное не определительное, а изъяснительное, но на знаки препинания это не влияет. 

Верно слитное написание.

Такое сочетание не вполне корректно. Согласно словарям русского языка, прилагательное граничный соотносится с сущ. граница в значении «линия раздела между территориями, рубеж», напр.: граничные знаки (пограничные знаки).

Так как я имею дело с очень большим спектром вещей - от строгания рубанком до психологии, - то недостатка в тематике статей не наблюдается.