ДНК – существительное женского рода (по стержневому слову кислота).
Такое оформление возможно. Но читателю будет проще, если использовать скобки:
Модель языка, использующая пять факторов (слово, лемма, основа слова, часть речи, морфологический тег слова), оценивающая...
В сочетании а значит союз и вводное слово образуют единство. В таких случаях между союзом и вводным словом запятая не ставится, а после вводного слова ставится, то есть сочетание выделяется с обеих сторон запятыми (см. параграф 95 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Вместе с тем в практике письма, как Вы верно заметили, частотна постановка тире вместо запятой после этого сочетания. По наблюдениям исследователей, такое происходит не только с сочетанием а значит, но и с множеством других вводных конструкций. В этом случае постановку тире вместо запятой нет оснований считать ошибкой: никакие принципы русской пунктуации здесь не нарушаются. При этом постановка двух знаков сразу — и запятой, и тире — явно избыточна.
Справедливости ради, термин вопросо-ответный нередко встречается в научной и методической литературе: Для частного употребления создавались и другие вопросо-ответные (эротапкритические) компиляции... [А. А. Алексеев. Чтение Библии в Древней Руси // «Актуальные вопросы современной науки», 2018]; Вопросо-ответный метод различается в зависимости от конструирования вопроса... [З. Комарова. Методология, метод, методика и технология научных исследований в лингвистике, 2014] и др. Однако согласимся, что форма вопросно-ответный гораздо более частотна. С точки зрения словообразования корректны оба варианта (ср. безлесый и безлесный). Также оба варианта правильны и с точки зрения орфографии. Вариант с бессуффиксальной первой частью вопросо-ответный более старый, он был в орфографическом словаре с 1956 г. Соответствует правилу: сложные прилагательные с сочинительным соотношением основ, выражающие равноправные, парные отношения, пишутся через дефис. Вариант вопросно-ответный распространился позднее. Наличие суффикса в обеих частях сложного слова, видимо, более приемлемо, более понятно, воспринимается как более типичное. Написание соответствует основному правилу для прилагательных, образованных сложением основ: сложные прилагательные с сочинительным отношением основ и суффиксом в первой части пишутся через дефис. Этот вариант будет добавлен в Академос.
В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина по поводу оборотов с предлогом кроме сказано следующее: «Оборот с предлогом кроме имеет два значения: а) одно совпадает со значением слов за исключением, т. е. имеет значение исключения из ряда подобных предметов: На всех берегах залива на протяжении сотен верст мною не было встречено ни одного человека, и, кроме горчайшей полыни и сухого бурьяна, я не сорвал ни одной травинки (Пауст.); Вершинин отправил луговиков в институт, всех, кроме Свиридовой, — ее он включил в высокогорный отряд (Зал.); б) другое — это обозначение включения в ряд подобных предметов: У Бунина, кроме блестящих, совершенно классических рассказов, есть необычайные по чистоте рисунки (Пауст.); Я слышал, кроме гудения мотора, еще несколько звуков (Пауст.).
В настоящее время различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. Однако в прошлом обороты со значением включения знаками препинания не выделялись. Ср.: Кроме учителей на собрание пришли и ученики. — Кроме учителей, на собрание никто не пришел».
В соответствии с рекомендацией справочника в Вашем случае обособление нужно.
Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны:
Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?
Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?
О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».
В этой фразе не нужны запятые.
