Правильно: в Саратове, в городе Саратове.
Правильно: в городе Элисте.
Известность или неизвестность названия – важный фактор, влияющий на его склоняемость/несклоняемость в сочетании с родовым словом. Топоним Комрат не является хорошо известным, поэтому его лучше оставить несклоняемым: в городе Комрат. Впрочем, если текст ориентирован на читателей, которым хорошо знакомо это название (например, на молдавских читателей), то его можно и склонять.
Правильно: в городе Тирасполе. Правила см. в «Письмовнике».
Возможны варианты, например: У нас, в городе Чебоксары, ведутся съемки фильма; У нас, в Чебоксарах, ведутся съемки фильма.
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Ср.: в городе Мытищи.
Первая часть в этом названии не склоняется: в Середина-Буде. Сложносоставные названия не склоняются в сочетании с родовым словом: в городе Середина-Буда.
Верно: в городе Ганновере.
