Правильно: на Иртыше, но на реке Иртыш. Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают (река женского рода, Иртыш – мужского).
Запятая не нужна, т. к. слово цена само по себе нужного смысла не выражает и нуждается в определении: по цене выше определенной фондом.
Не любую лексическую избыточность следует считать ошибкой. Такие сочетания, как подняться вверх, спуститься вниз, корректны, зафиксированы словарями русского языка, используются в художественной литературе.
Тире поставлено на месте пропущенного сказуемого выделяются (это тире в неполном предложении), запятыми выделен присоединительный оборот, заключающий в себе добавочные, сообщаемые попутно сведения (см. параграф 85 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Корректно: на Неве, на реке Неве.
Запятая уместна, поскольку так имеет в этом случае значение 'например'.