Корректно: принят на должность заведующего кафедрой.
Правильно: всю жизнь проработала заведующей библиотекой.
В газете лучше: заведующая.
Верно: Иванов И. И., заведующий поликлиникой.
Правильно: заведующие структурными подразделениями.
Если заведующий один и у него много заместителей, то правильно: заместители заведующего. Если заведующие разные, то корректно: заместители заведующих.
О падеже: нужен творительный падеж (музеем). Слова заведующий, управляющий, командующий и т. п., по своему происхождению являющиеся причастиями, управляют творительным падежом.
Что касается рода, то мужской род уместен в строгой деловой речи (в приказе: назначить заведующим музеем Иванову...). В обиходной письменной и тем более устной речи верно: заведующая музеем.
Правильно: заведующий муниципальным дошкольным образовательным учреждением «Детский сад № 5 "Калинка"»; заведующему муниципальным дошкольным образовательным учреждением «Детский сад № 5 "Калинка"».
Корректно: с заведующим (чем?) лабораторией.