Выбор той или иной системы транскрипции зависит от методики, однако очевидно, что в первых слогах интересующих Вас слов находится  безударный гласный, который можно обозначить как [и]. 

Интересующее Вас слово не зафиксировано нормативными орфографическими словарями, однако следует писать кофе-пойнт — по аналогии с брейк-по́йнт, матч-по́йнт, пойнт-ли́ст, трекпо́йнт, чекпо́йнт. 

Слово вотчина пишется со строчной буквы во всех случаях, когда оно употребляется в значении "родина" и не является частью имени собственного: вотчина Деда Мороза.  

Во всех этих случаях сочетание как хочу действительно образует цельное по смыслу выражение, которое означает «так, как мне заблагорассудится». Пунктуация в приведенных предложениях корректна.

В значении «то, что составляет преимущественное содержание мыслей, речи, забот кого-л.» существительное интерес обычно используется во множественном числе: в связи со сменой научных интересов.

Ваш вариант корректен. Обороты с причастиями имеющее и состоящее характеризуют не воды, а их сосредоточение, так что именно с этим существительным и следует согласовать названные причастия.

Во втором предложении, как и в первом, уместна форма множественного числа сказуемого для подчеркивания активности и раздельности действующих лиц: В нём приняли участие две тысячи семей...

Полагаем, что в данном случае форму годами следует интерпретировать не во временном, а в субъектном значении: порядок, заведенный (кем/чем) годами (то есть самим длительным временем).

В приложение – форма винительного падежа: заглянуть (куда? во что?) в приложение к данному письму. В приложении – форма предложного падежа: таблица находится (где?) в приложении к данному письму.

Кирилл, Вы сами отвечаете на Ваш вопрос: Великие Равнины - не равнины, а плато. Мертвое, Каспийское, Аральское море - это моря (по крайней мере, в обывательском сознании).