Верно дефисное написание.

Предложение не вполне ясно (не следует ли его как-то перестроить?), но запятую перед причастным оборотом поставить нужно.

В справочнике Д. Э. Розенталя сказано следующее.

При составных числительных, оканчивающихся на один, сказуемое, как правило, ставится в форме единственного числа, например: Двадцать один делегат прибыл на совещание; …Было подано сразу тридцать одно заявление (Шолохов). Форма множественного числа в данной конструкции возможна по условиям контекста, например: Двадцать один делегат встретились за круглым столом (сказуемое встретились указывает на взаимное действие, которое выражается формой множественного числа); За всё уплачено 92 681 рубль (при формальной роли подлежащего счетный оборот имеет значение обстоятельства меры в страдательной конструкции); Двадцать один студент явились на экзамен (разговорный вариант, влияние тенденции к согласованию по смыслу); Двадцать один ящик с посудой, которые были доставлены на базу, попали туда по ошибке (влияние придаточного предложения с союзным словом которые в форме множественного числа).

Таким образом, верно: 21% уже забронирован. Допустимо: 21% уже забронировано.

Если есть пауза, тире нужно.

Корректно: 3D-моделирование, 3D-принтер, 3D-модель, 3D-технологии.

Конструкция с 150 до 225 единиц является пояснительной по отношению к сочетанию более чем на 41 процент. Пояснительные конструкции выделяются парными знаками — обычно запятыми или тире. Следовательно, возможны такие варианты: 1) Благодаря инструментам бережливого производства предприятию удалось сократить время изготовления продукции более чем на 41 процент, с 150 до 225 единиц, и увеличить выработку на 48 процентов; 2) Благодаря инструментам бережливого производства предприятию удалось сократить время изготовления продукции более чем на 41 процент — с 150 до 225 единиц — и увеличить выработку на 48 процентов.

Запятая нужна. Время обычно обозначают через двоеточие: 17:00.

Предпочтительнее форма множественного числа.