Вопрос из контрольной (в том виде, как Вы его приводите) составлен некорректно. Безусловно, варианты кладбИще и дОговор не являются стилистически нейтральными, тем не менее они отмечаются словарями русского языка с пометами "устаревшее" и "разговорное" соответственно.

В обоих предложениях указанные запятые не требуются.

Между сокращением и номером пункта не хватает пробела: п. 3.3. Сокращение км пишется без точки.

Звонить по межгороду, по России - корректно в разговорной речи.

Выделение в слове снежинка двух суффиксов имеет некоторые основания. Слово снежина фиксируется словарями и встречается в художественной литературе (напр.: На ресницы садились снежины… А. Толстой, ...На стекле лежала уже тонкая прозрачная простынка снежин. М. Кучерская). Однако в активный словарь слово снежина не входит (в Национальном корпусе русского языка встретилось всего семь документов, в которых авторы употребили это слово), поэтому считать выделение суффикса -инк- ошибкой никак нельзя, тем более для четвероклассников. В сознании детей снежинка – это частичка снега, как пылинка – частичка пыли, соринка – частичка сора (мусора), ворсинка – ниточка ворса и т. п.  

Местоимение вы пишется с большой буквы при вежливом обращении к одному лицу в личных письмах, а также в официальных документах (заявления, служебные записки и т. д.). Никакой обязательности здесь нет: окончательное решение, с какой буквы писать это местоимение, всегда остается за автором текста. Главное, что нужно помнить: нельзя писать вы с большой буквы при обращении ко многим лицам. Это уже орфографическая ошибка.

Отвечая на вопросы, мы традиционно обращаемся к автору вопроса на вы с большой буквы, хотя ответы «Справочного бюро» – это не личные письма и не служебные документы. Но здесь дело в особенностях работы сервиса: ответ могут прочитать все, но при этом отвечаем мы одному человеку – тому, кто задал вопрос. В каком-то смысле это открытое, доступное всем личное письмо.

Да, сочетание "коллеги по работе" ошибочно, хотя коллегами называют не только людей, работающих в одной организации, но и людей, имеющих общую профессию, общие профессиональные интересы и т. п.

Строчными буквами пишутся только очень немногие аббревиатуры, давно существующие в языке и воспринимаемые многими уже не как аббревиатуры, а как обычные слова: дот (от долговременная огневая точка), вуз, ссуз, загс (написание ЗАГС тоже правильно) и некоторые другие.  Подавляющее большинство аббревиатур пишутся прописными буквами. Правильно: ПИФ.

Корректно: ...предоставить отпуск на с 01.02.08 по 03.02.08 за счет дней отпуска, не использованных в 2007 году.

От можа до можа – в переводе с польского 'от моря до моря' (море по-польски – morze). Имеется в виду период наибольшего расцвета средневековой Польши (Речи Посполитой), когда ее территория простиралась в буквальном смысле от моря до моря – от Балтийского до Черного – и включала в состав земли, ныне являющиеся территорией Белоруссии, Украины, России, Словакии и других государств.

Такой вариант пунктуационного оформления в принципе возможен.