В научной работе лучше использовать научную терминологию. 

Правила слитного/раздельного написания наречий так витиеваты, что приходится признать: в сущности, они во многом представляют собою лишь попытку вывести некоторые закономерности из сложившихся написаний. 

К приведенным примерам указанное правило не применимо: в них нет однородных сказуемых при одном подлежащем, как нет и «независимых предложений». В первом случае союз и связывает две части, объединенные разговорной вопросительной частицей а если (эта частица приведена, в частности, в «Толковом словаре сочетаний, эквивалентниых слову» Р. П. Рогожниковой (М., 2003)) и, соответственно, общей вопросительной интонацией, что отменяет постановку знаков препинания (см. пункт 5 параграфа 112 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): А если я израсходую их и что-то случится? Во втором случае мы имеем дело со сложноподчиненным предложением, в котором придаточная часть находится перед главной, что допускает постановку тире: Когда он вернётся — мне конец.

Корректно со строчной: Это касается и части 1 статьи 3 технического регламента Таможенного союза ТР ТС 021/2011 «О безопасности пищевой продукции».

Да, среди некоторой части носителей языка распространено мнение, что нельзя говорить опять, надо говорить снова (в результате чего появилось расхожее выражение не опять, а снова). Чем это мотивировано, сказать сложно. Другие подобные замены (например, последний – крайний, садитесь – присаживайтесь) легко объяснимы (см. «Азбучные истины»). Можно предположить, что у некоторых носителей языка слово опять по каким-либо причинам вызывает негативные ассоциации.

Тем не менее в словарях русского литературного языка слова опять и снова зафиксированы как стилистически нейтральные и общеупотребительные, одно толкуется через другое: опять – 'еще раз, снова'; снова – 'еще раз, опять'. При этом слова опять и снова взаимозаменяемы не в любых контекстах. У наречия снова есть оттенок значения 'заново, с самого начала'; наречие опять употребляется в просторечии в знач. 'также (еще), тоже, к тому же, кроме того'.

При проверке орфографии следует пользоваться не экономическим, а орфографическим словарем. Наиболее авторитетный на сегодняшний день орфографический справочник — «Русский орфографический словарь РАН» под ред. В. В. Лопатина. Вот как объясняет председатель Орфографической комиссии РАН В. В. Лопатин рекомендуемое написание риелтор:

«Одно дело — формулировать правила для каких-то групп слов, а другое дело — учитывать написание отдельных слов, конкретных, которые очень колеблются в написании. В слове риелтор пишут после И и Е, и Э, а после Т — или О, или Е — получается четыре возможных варианта написания. Мы предлагаем риелтор. Почему? О — потому что так пишется в английском — надо уважать написание слова в языке-источнике, а Е после И потому, что существует тенденция писать после И не Э, а Е, сравните: диета, диез, коэффициент, абитуриент, сиеста. Это после О и У пишется Э, а после И мы пишем букву Е. Опираясь на эту тенденцию, мы можем смело рекомендовать написание риелтор».

Кроме функций междометия, слово ну может выполнять и функции частицы, имеющей множество значений. Частицы не выделяются запятыми: Ну я не знаю. Для передачи прерывистого характера речи используется многоточие: Он... ну не сразу понял, о чём речь; Это было... ну неожиданно.

Согласны с Вашим вариантом правки. Обратите внимание, что определительный оборот после определяемого существительного обособляется: ...в течение времени, необходимого как минимум для эвакуации людей и тушения пожара...

Да, корректно: с печами-ковшами.