В таких случаях требует оформление по правилам прямой речи. Например: 

Он сказал: «Поехали!»
Он взмахнул рукой.

Прежде всего отметим, что словосочетание правила русского языка не вполне корректно: о правилах можно говорить применительно не к языку, а к правописанию (правописание и язык – не одно и то же, хотя в школе на уроках русского языка учат главным образом правильному письму, поэтому у многих и создается впечатление, что изучение языка – это изучение правил орфографии и пунктуации). Применительно к языку следует говорить о нормах – в данном случае (если речь идет о роде слова кофе) нормах грамматических. Нормы фиксируются словарями и грамматиками, и фиксация нормы, разумеется, всегда вторична: не «так говорят, потому что так в словаре», а «так в словаре, потому что так говорят».

Главная особенность нормы – ее динамичность. Если в языке ничего не меняется, значит язык мертв. В живом языке постоянно рождаются новые варианты и умирают старые; то, что вчера было недопустимо, сегодня становится возможным, а завтра – единственно верным. И если лингвист видит, что норма меняется, он обязан зафиксировать это изменение. Появление в языке новых вариантов, действительно, приводит (со временем, иногда спустя очень долгое время) к их фиксации в словарях – это не «подгонка правил под ошибки», а объективная фиксация изменившейся нормы; по словам известного лингвиста К. С. Горбачевича, научная деятельность не должна сводиться «ни к искусственному консервированию пережитков языка, ни к бескомпромиссному запрещению языковых новообразований». В то же время словари, в которых зафиксированы языковые варианты, должны выполнять нормализаторскую функцию, поэтому в них разработана строгая система помет: какие-то варианты признаются неправильными, какие-то допустимыми, а какие-то – равноправными. И это, пожалуй, самое сложное в работе лингвиста–кодификатора: определить, какие варианты сейчас можно считать допустимыми, а какие – нет. Эта работа, разумеется, всегда вызывала и будет вызывать критику, поскольку язык – это достояние всех его носителей и каждого в отдельности.

Таким образом, фиксация новых вариантов, ранее признававшихся недопустимыми, – это не самоцель для лингвиста, а его обязанность, часть его работы (не случайно В. И. Даль писал: «Составитель словаря не указчик языку, а служитель, раб его»). Вместе с тем лингвист обязан отделить правильное от неправильного, нормативное от ненормативного и дать рекомендации относительно грамотного словоупотребления (т. е. все-таки стать указчиком – для носителей языка). Критериев признания правильности речи, нормативности тех или иных языковых фактов несколько, при этом массовость и регулярность употребления – только один из них. Например, ударение звОнит тоже массово распространено, но нормативным в настоящее время не признается, поскольку такое ударение не отвечает другим критериям, необходимым для признания варианта нормативным. Хотя очень вероятно, что  со временем такое ударение и станет допустимым (а через пару столетий, возможно, и единственно верным).

После этого долгого, но необходимого предисловия ответим на Ваш вопрос. Употребление слова кофе как существительного среднего рода сейчас признается допустимым в непринужденной разговорной речи. На письме (а также в строгой, официальной устной речи) слово кофе по-прежнему следует употреблять как существительное мужского рода – такова сейчас литературная норма.

Простые и сложные предложения различаются по числу грамматических основ. Так, первое из приведенных предложений простое, осложненное пояснительной конструкцией, в нем грамматическая основа — я хотел. Сочетание поскорее добраться домой не образует отдельную грамматическую основу, а слово одного обязательно требует пояснения значения, что предполагает постановку тире. Впрочем, в примечании к параграфу 82 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина есть допущение: «В подобных случаях при более подчеркнутом пояснении может употребляться и двоеточие».

Второе предложение бессоюзное сложное, в нем две грамматические основы — я вынес и нельзя нарушать. Соответственно, к нему применяются правила пунктуации в БСП, в частности правило о выражении пояснительных отношений с помощью двоеточия: Из беседы с экологом я вынес для себя самое главное: человеку нельзя нарушать природное равновесие. Заметим, что тире в таком случае также не будет ошибкой (см. примечание 2 к параграфу 129 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). 

Сочетание возможно, негативной окраски нет. 

В таком контексте, который Вы описываете, следует вообще избегать использования слов "в завершении" (поскольку молитва не завершает программу).

В русской печати устойчива традиция использовать именно кавычки «ёлочки». В качестве внутренних кавычек применяются кавычки «лапки». Об этом написано, например, в «Справочнике по пунктуации для работников печати» Д. Э. Розенталя (М., 1984):

5. Если в начале или в конце текста (прямой речи, цитаты) встречаются внутренние и внешние кавычки, то они должны отличаться рисунком («ёлочки» и «лапки»): Автор статьи указывает, что «в золотой фонд мировой литературы вошли такие произведения русской классики, как „Война и мир“» [§ 66.].

Часть предложения, начинающаяся со слова поскольку, относится все-таки только к части, непосредственно ей предшествующей (её крепости, терема и избы строились из дерева): именно в этой части излагается факт. Часть долгие годы Русь была страной деревянной заключает в себе авторскую обобщающую оценку. Заметим, что в этом предложении нарушена логика: авторская обобщающая оценка Русь была страной деревянной не является причиной того, что крепости, терема и избы строились из дерева; рядоположными эти утверждения (оценка и факт, обосновывающий оценку) также считать нельзя. Следовательно, союз и здесь неуместен, гораздо лучше было бы обойтись без союза и поставить после первой части двоеточие; в части, начинающейся с поскольку, также есть недочеты, которые желательно устранить: Долгие годы Русь была страной деревянной: её крепости, терема и избы строились из дерева, поскольку для русского человека дерево — это возможность воплощения строительной красоты, чувства пропорций и слияния архитектурных сооружений с окружающей природой.

Такой порядок слов (инверсивный) не будет "нарушением", хотя в некоторых случаях его использование может быть неоправданным.

Да, в этом предложении однородные сказуемые — люди и могут допускать. Однородные сказуемые вполне могут отвечать на разные вопросы.