Приведенное Вами выражение чаще записывается в современной графике — с буквой и. Кавычки в нем возникают под влиянием специальных текстов (в частности, лингвистических), в которых буквы принято выделять курсивом (так, например, в наших ответах). Однако курсив в названиях букв, записанных словом (бэ, вэ, же, твердый знак, фита, ижица, э оборотное, и десятеричное, и восьмеричное, и краткое, и), как и кавычки, избыточен. Приведем другие примеры фразеологизмов с названиями букв: на ять, писать (выделывать) мыслете, от аза до ижицы, от альфы до омеги, от а до я. Если во фразеологизме необходимо заменить и на i, то кавычки тем более не нужны: иная графика (латиница или вышедшие из употребления буквы кириллицы) — достаточное средство выделения.

Наша общая рекомендация — не выделять букву во фразеологизме ни курсивом, ни кавычками (см. также фиксацию фразеологизма и других названий букв в базе орфографического академического ресурса «Академос»). Но мы не можем не отметить, что иногда от общих рекомендаций приходится отступать под влиянием всего текста, его оформления, расположения на странице. Такие решения принимает редактор.

Пунктуация зависит от смысла. Если мужчина и женщина сравниваются с параллельными прямыми, запятые нужны: Мужчина и женщина, как две параллельные прямые, никогда не пересекутся. Если мужчина и женщина – это и есть две параллельные прямые (т. е. как =в качестве), запятые не нужны: Мужчина и женщина как две параллельные прямые никогда не пересекутся.

Слово фактически не требует постановки знаков препинания. 

Предпочтительна форма мн. числа сказуемого (не позволили). При прямом порядке слов (сказуемое следует за однородными подлежащими) обычно употребляется форма мн. числа сказуемого, при обратном порядке (сказуемое предшествует подлежащим) – форма ед. числа.

В этом случае возникнет неполное предложение, в котором на месте глагола следует поставить тире (обратим внимание, что речь идет именно о тире, а не о дефисе): Ивану — удачи в делах!

В этом предложении одиночный союз или имеет разделительное значение, поэтому запятая перед ним не ставится: Он не раз слышал фразы вроде «Года через два, если будет время» или «Попозже, к весне наверное». Обратите внимание, что перед вводным словом наверное запятая не ставится, так как оно находится в конце обособленного (уточняющего) оборота.

Предлагаем поставить оба знака: Разве это не замечательно?!

Этот вопрос интересен исключительно с точки зрения школьной практики, нормативного или иного предметного содержания он не имеет. Поэтому и решать его нужно исключительно как школьную задачу.

3D – далеко не единственное сочетание, которое пишется с латинской буквой в русском тексте. Ср.: DVD-плеер, HD-изображение и т. д. Буквосочетание SOS (не являющееся аббревиатурой) тоже вошло в русский язык именно в написании латиницей. Эти сочетания не требуют замены латинских букв кириллическими.

Правильно: о щёголях, локтем.

Вы совершенно правы, и в первом, и во втором случае не следует писать раздельно. В первом случае употреблена конструкция, усиливающая отрицание, во втором — подчеркивается отрицание. Верно: 1. Истина является никогда не достижимым знанием о действительности. 2. Основания науки не тождественны общему массиву знания.