Верно: цех по переработке и складированию.
Запятая не нужна.
Корректно: Проект разработан по чертежу, предоставленному заказчиком.
Корректно: нажатием на ярлык, находящийся на рабочем столе...
Слова по крайней мере в данном случае не обособляются: Дело в том, что по крайней мере для некоторых из нас... Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
В Бабьем Яре — рекомендация «Словаря собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко. На практике употребляются оба варианта, в том числе в художественной литературе и публицистике (но в романе Анатолия Кузнецова используется вариант в Бабьем Яре).
Верно: по штукатурным, малярным работам. Второй вариант встречается только в очень непринужденной разговорной речи.
Не вполне ясно, что имеется в виду под словами у нас открыт фронт работ. Возможно, предложение следует перестроить.
Правильно: Руководителю Агентства по гидротехническим сооружениям Приморского края.
Правильно: ...оборудования какого? — расположенного.
Выражение как по команде, выполняющее фукнцию обстоятельства образа действия, фразеологическое, оно синонимично наречию разом и само по себе не требует обособления. Находясь в конечной позиции, оно, как и любой другой второстепенный член, может приобретать характер присоединительной конструкции; смысловым центром предложения в этом случае будут сказуемые обернулись и поклонились, а обстоятельство как по команде будет нести добавочную информацию. Такие конструкции отделяются тире: Ребята обернулись и поклонились — как по команде.
