Предпочтительно: Мы с капитаном не отрывали взгляда от иллюминатора.

Корректно слитное написание.

Разумеется, Вы вправе с нами не соглашаться, воля Ваша. Однако тем не менее второе предложение именно СПП, а не простое с вводной конструкцией. Вводные предложения могут вводиться подчинительными союзами, но с выхолощенной семантикой (Латынь из моды вышла ныне, Так, если правду вам сказать, Он знал довольно по-латыни...); точнее, условная семантика здесь лежит не в строе сложной конструкции, а в глубинном слое прагматики высказывания. Они могут вводиться и местоименным наречием: как сообщают синоптики. Как меня и предупреждал хозяин, безусловно, похоже на как сообщают синоптики, но в нем есть маленькое слово и, которое меняет всю картину. Это не частица в значении ‘даже’, это сочинительный союз, который сигнализирует как раз о сложном предложении. В основе лежит конструкция Дом оказался непригоден для жилья, и об этом предупреждал хозяин. Как только мы начинаем варьировать об этом, возникают варианты с о чем и с как. При появлении средства подчинительной связи, превращающего конструкцию в сложноподчиненную, сочинительный союз смещается вправо и оказывается перед сказуемым, но именно он кардинально отличает всю конструкцию от простого предложения с вводным предложением. Во вводном предложении никакого союза и быть не может. Так что вариант с как, как и вариант с о чем, представляет собой СПП с присоединительным придаточным (или, по терминологии структурно-семантической классификации, с относительно-распространительным придаточным). И неверно, что это придаточное не может перемещаться: конечно, для него наиболее типична постпозиция, но вполне возможны варианты, в которых придаточное меняет ретроспективную функцию на проспективную: Дом, о чем меня и предупреждал хозяин, оказался… / Дом, как меня и предупреждал хозяин, оказался...; О чем меня и предупреждал хозяин, дом оказался… / Как меня и предупреждал хозяин, дом оказался…

Во всех трех примерах запятая после значит нужна.

Предлагаем такой вариант оформления: Задавайте друг другу уточняющие вопросы, например: "У него есть шляпа?" или "Он носит очки?".

Воспользуйтесь стандартным сравнительным оборотом, если необходимо выразить идею сопоставления: оставалась более низкой, чем... Без конкретики ту же идею сопоставления передает фраза оставалась сравнительно низкой. Этим вариантам не нужна «помощь» слова более.

Рекомендация такова: омикрон-штамм (ср. гамма-лучи), штамм омикрон (ср. рукав реглан). 

Это прилагательное не зафиксировано нормативными словарями, и возможны два варианта его написания: слитное спутанноволокнистый, так как сложное прилагательное образовано от словосочетания, члены которого объединены подчинительной связью (спутанные волокна), и дефисное спутанно-волокнистый, так как с формальной точки зрения в первой части слова присутствует самостоятельный суффикс прилагательного. Мы бы рекомендовали второй вариант.