Это случаи так называемого именительного темы. В приведенных контекстах перед местоимениями предпочтительно тире.

Сочетание как сказала моя подруга, недавно посетившая Японию, указывает на источник информации, а это одно из значений вводных конструкций. Рекомендуется отделить ее, по общему правилу оформления вводных конструкций, запятой: Или, как сказала моя подруга, недавно посетившая Японию, «по сути, это попойка японцев в парке». (Сочетание по сути тоже вводное, оно указывает на степень достоверности сообщаемого.)

Да, запятая ставится именно по этой причине.

Подтверждаем, что запятая перед в том числе в данном случае не нужна.

Вводное предложение что не менее важно нужно выделить запятыми с двух сторон, то есть поставить запятую после союза и и после слова важно. Необходимость (уместность) постановки тире нужно оценивать с учетом всего предложения (в вопросе приведен только его фрагмент).

Действует такое правило: апострофом отделяются русские окончания и суффиксы от предшествующей части слова, передаваемой латинскими буквами. Таким образом, корректно: IT'шник, S'очка. Но эти слова лучше всё же писать кириллицей, поскольку они уже вошли в русский язык.

Так что – союз, то же, что «и поэтому, следовательно». Синтаксические конструкции, начинающиеся с союза так что, выделяются запятыми; при этом первый знак препинания ставится перед союзом (перед словом так), а не между чего частями, например: На другой день по их приезде пошел проливной дождь, и ночью потекло в коридоре и в детской, так что кроватки перенесли в гостиную (Л. Толстой, Анна Каренина).

Но союз так что  не следует смешивать с сочетанием местоимения так и союза что, где перед союзом что  ставится запятая: Жизнь Берлиоза складывалась так, что к необыкновенным явлениям он не привык (М. Булгаков, Мастер и Маргарита).

Не уверены, что мы верно поняли вопрос, но попробуем ответить. Запятая перед причастным оборотом (лебедь, упавший в воду) ставится как и перед любым постпозитивным определением (лебедь, мертвый, упал в воду). Дело в том, что обычное (нейтральное) место определения в русском языке — перед определяемым словом (Она надела короткое красное платье), поэтому перемещение определения в позицию после определяемого слова (Она надела платье, короткое, красное) по-иному акцентирует высказывание, что на письме выражается обособлением при помощи запятых. Деепричастный оборот выделяется потому, что деепричастие — это форма глагола, то есть, по сути, дополнительное сказуемое. Ср.: Монета покатилась, звеня и подпрыгивая — Монета катилась, звенела и подпрыгивала.

Вы приводите сведения о производных словах (не о значениях слов!). Как правило, помета "перен." ставится в тех случаях, когда семантическая связь между базовым и производным значениями  неочевидна (так, эта связь неочевидна между значениями 1 и 5 приведенного Вами примера). При таком понимании термина "переносное значение" (отсутствие семантически близкой, тесной связи между значениями базовым и производным) Ваше рассуждение верно. Однако возможно и другое прочтение: прямое значение - базовое, непроизводное; переносные значения - все, в которых присутствует (буквально!) метонимический или метафорический перенос (то есть все производные значения).