Если подлежащее выражено личным местоимением, тире перед сказуемым-существительным не ставится. Оно может быть поставлено, если требуется логически подчеркнуть это местоимение (интонационно выделить его) или если в контексте есть противопоставление. См. параграф 5.8 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Обе именных группы (настоящее парадное дерево, королева среди хвойных) имеют характеризующее значение с явным элементом образности. Между ними можно вставить союз и. А это означает, что перед нами два однородных сказуемых. Между определяемым словом и приложением союз вставить нельзя.

Нужно убрать запятую перед союзом и, соединяющим однородные придаточные части: Человек, осознающий вину за совершенный им бесчестный поступок, обязательно будет испытывать мучительные угрызения совести, терзаться мыслями о том, что он сделал и как это повлияло на судьбы других людей.

Корректно: Нужно как следует подготовиться, и прежде всего нарубить побольше дров. Сочетание прежде всего имеет значение «в первую очередь» и не выделяется запятыми. Союз и в данном случае присоединительный (= «и притом»), перед ним ставится запятая.

Буква ъ может писаться при передаче иноязычных собственных имен после букв, обозначающих парные твердые согласные, перед я, е, ё, ю и даже и. См. § 27 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

В этом сложноподчиненном предложении как — союзное слово, местоименное наречие, выполняющее функцию обстоятельства образа действия в придаточной части, сравним: Я даже не заметил, как он пришел. Если придаточная часть усечена до одного союзного слова, запятая перед ней не ставится.

Рекомендуется: со школьными трудностями. Предлог со «последовательно выступает перед формами слов, начинающимися сочетаниями „с, з, ш, ж + согласная“ или согласной щ» (Еськова Н. А. Словарь трудностей русского языка. Ударение. Грамматические формы. М., 2014. С. 384).

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.

Запятая не нужна. Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота, запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится (иначе говоря, запятая, которая должна была «закрывать» вводное слово, переносится в конец обособленного оборота).