Выбор буквы зависит от того, как функционируют эти организации, насколько можно о них говорить как о самостоятельных организациях или как о частях организаций. Дело в том, что названия частей и отделов учреждений, организаций, а также слова типа президиум, ученый совет, совет директоров, правление и др. пишутся строчными (совет директоров ОАО «РЖД»). Если организации, о названиях которых Вы спрашиваете, обладают всё же самостоятельностью, пусть и находясь в структуре СО РАН, СПР России (т. е. они ближе к официальным названиям общественных  организаций, чем к названиям частей учреждений), то корректно написание с прописной: Совет молодых ученых СО РАН, Совет молодых литераторов Союза писателей России.

В большинстве словарей (в том числе в изданиях, адресованных работникам эфира, где указывается строгая литературная норма), зафиксирован один вариант – ворожея. Впрочем, как Вы справедливо отмечаете, есть словари, где дано только ворожея. А согласно «Большому орфоэпическому словарю русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной (М., 2012), варианты ворожея и ворожея равноправны. По-видимому, так и есть: причины словарного разнобоя именно в том, что варианты сейчас конкурируют, ни один пока не вытеснил другой.

Тире факультативно.

Ситуация крайне сложная. Орфографически правильно писать параолимпийский. Такое написание, действительно, зафиксировано в академическом «Русском орфографическом словаре» и других словарях. Оно объясняется этимологией слова (слово образовано от олимпийский с помощью приставки пара-). Но, к сожалению, написание паралимпийский, которое лингвисты считают безграмотным, проникло в официальные документы органов государственной власти и сейчас узаконено. В. В. Лопатин, ответственный редактор «Русского орфографического словаря» и председатель Орфографической комиссии РАН, говорит об этом так: «У нас появилась Лимпиада».

В данных примерах запятые перед "исходя из" ставить не нужно.

Массмедиа нужно писать слитно.