Морфемный анализ слова вынуть (вынул) может быть выполнен по-разному, выбор решения определяется подходом к описанию морфемной структуры слов.

В «Словаре морфем русского языка» под. ред. А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой это слово считается словом с нулевым корнем, в котором выделяются приставка вы- и суффикс ну-. По мнению авторов словаря, членение слова на морфемы должно осуществляться на максимальную историческую глубину, поэтому вариантами нулевого корня (алломорфами) в этом словаре считаются следующие морфемы: -им- (иметь), -ем- (восприемник), -ём- (отъём), -ым- (отымать); -ним- (воспринимать, отнимать, вынимать); -ня- (воспринять, отнять); -я- (отъять). Установить словообразовательные связи между рядом слов с этими вариантами корня в современном языке зачастую затруднительно.

Противоположная позиция представлена в словообразовательных словарях, прежде всего в «Словообразовательном словаре» А. Н. Тихонова. В этом словаре слово вынуть считается непроизводным, так как без привлечения исторического анализа невозможно предложить для него производящее слово и точно установить значение корня. А следовательно, слово состоит из корня выну- и показателя инфинитива -ть. От непроизводного глагола вынуть, по А. Н. Тихонову, образуется глагол вынимать (алломорф корня ― выним-) и существительное выем (алломорф корня выем-).

Однако глагольная приставка вы- и глагольный суффикс -ну- обладают достаточно ярким собственным значением и в этом значении регулярно выделяются в других глаголах. Ср.: выбросить, вынырнуть, выпорхнуть, выпрыгнуть, вытолкнуть и др. Поскольку морфемный анализ, кроме учета формо- и словообразующей структуры слова, предполагает членение по аналогии, представляется обоснованным выделять в слове вынуть приставку вы- и суффикс ну-. Корень можно рассматривать как нулевой или считать, что слово не имеет корня, поскольку материально в современном языке он не выражен. Тем не менее необходимо понимать, что различные исторические процессы привели к тому, что в этом слове на определенном этапе сонанты слились в корень из одного звука ― звука н. При соединении этого корня с суффиксом ну- в слове произошло наложение морфем, подобное явление можно наблюдать, например, при образовании слова розоватый ← розов-ый + суффикс -оват- (накладывается ов из розов- и ов из -оват) и во многих других случаях словопроизводства. При таком подходе в слове вынуть мы выделим корень -н-, на который наложился суффикс -ну-. В форме вынул присутствует также формообразующиий суффикс -л- и нулевое окончание. 

До орфографической реформы 1917–1918 годов слово могло, по давно установившейся традиции, оканчиваться или гласной буквой, или твердым знаком (он назывался «ер»), или мягким знаком (он назывался «ерь»). Много столетий назад буквы «ер» и «ерь» тоже обозначали особые (очень короткие) гласные звуки, но эти звуки давно исчезли из нашего языка.

Происхождение традиции писать «ер» и «ерь» на конце слов можно объяснить следующим образом. При письме без пробелов между словами «ер» и «ерь» показывали границу слова, т. е., даже перестав обозначать гласные звуки, эти буквы выполняли очень важную функцию — указывать на конец слова. Привычка видеть эти буквы в конце слова оказалась так сильна, что они остались и после того, как стало обычным разделять слова пробелами.

Осколок этой традиции сохранился и в современном русском языке — в виде написания ь на конце слов после шипящих: мышь, ночь, рожь, стричь. Никаких разумных причин писать ь в этой позиции нет, такое написание просто дань традиции (его тоже предполагали отменить реформой 1917–1918 годов и оставили в самый последний момент).

У памятного Вам правила есть несколько примечаний:

После ж, ш, ч, щ, ц пишутся буквы а, у (и не пишутся я, ю),

напр.: жаль, Жанна, межа; шар, лапша; час, свеча, молчащий; площадка, плаща; цапля, отца; жуткий, скажу; шум, Шура, большущий; чувство, молчу; щука, прощу; цугом, отцу.

Заимствование амбушюр входит в число исключений, упомянутых в Примечании 1. 

Союзные обороты, начинающиеся словами «если не», «как не» и употребляющиеся после относительных местоимений и наречий («где», «кто», «куда», «откуда», «когда»), обособляются.

И где, как не в этих суровых горах, торжествовать праву сильного. Л. Карелин, Головокружение. За кого, если не за тебя, отдал бы я душу свою… А. Бестужев-Марлинский, Фрегат «Надежда». Кто, кроме соотечественника, примет к сердцу эти впечатления, тревоги и рассказы? Кто, как не он, ощутит именно то, что вы сами ощущаете? М. Салтыков-Щедрин, За рубежом. …Кому, как не старому хозяину, дался бы Малек-Адель в руки! И. Тургенев, Конец Чертопханова. И кому, как не вам, главному победителю, нашему доброму гению, сейчас радоваться?! А. Алексин, Раздел имущества. Если бы я и был виноват, кто, как не она, меня наказала? В. Каверин, Два капитана. Ты должна меня понять. Кто, если не ты? А. Вампилов, Прощание в июне.

@ В лингвистической литературе подобные конструкции с союзом «как» описываются противоречиво. Ср. такие примеры: Кто, как не он, может выполнить вашу просьбу (Д. Э. Розенталь. Справочник по пунктуации); Кто как не он поможет! Кому как не ему идти! С кем как не с ним посоветоваться! Куда как не к начальству обращаться! (Русская грамматика). Однако примеры из художественной литературы показывают, что союзные обороты со словами «если не» и «как не» обособляются в подавляющем большинстве случаев.

См.: 841">http://gramota.ru/spravka/punctum/58841

В современном русском языке правильно только (нет) сапог, форма сапогов не является нормативной.

Прежде сапоги, чулки, носки имели одинаковое окончание в форме родительного падежа мн. числа: сапогов, чулков, носков. Примеры из классической литературы подтверждают это: Так: на те десять рублей я износил сапогов в два года. Д. Фонвизин, Недоросль Лошадь походила на тех сказочных животных, которых рисуют дети на стенах и заборах; но старательно оттушёванные яблоки её масти и патроны на груди всадника, острые носки его сапогов и громадные усы не оставляли места сомнению: этот рисунок долженствовал изобразить Пантелея Еремеича верхом на Малек-Аделе. И. Тургенев, Конец Чертопханова. После такой операции он надел сапоги сверху мокрых чулков и долго ходил по двору. Н. Помяловский, Очерки бурсы.

Впоследствии сапоги и чулки довольно быстро избавились от окончания -ов, формы (нет) сапог, чулок стали основными. А вот носки по каким-то причинам «задержались», и наверняка многие помнят запоминалку, которую учили в школе: «чем короче, тем длиннее», она позволяла запомнить правильные формы: нет чулок, но нет носков; вариант нет носок признавался ошибочным.

И всё-таки слово носки стремится догнать убежавшие вперед слова чулки и сапоги и тоже избавиться от окончания -ов. Словарями последних лет вариант нет носок признается допустимым. Можно предположить, что со временем этот вариант станет основным. Но пока предпочтительно всё же: нет носков.

Обе мотивации возможны.

Определение академический означает, что издание подготовлено сотрудниками научно-исследовательского учреждения, входящего в систему Российской академии наук (прежде – АН СССР). Например: академическая «Русская грамматика» 1980 года, академический «Русский орфографический словарь», полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» 2006 года – над всеми этими изданиями работали специалисты Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН (прежнее название – Институт русского языка АН СССР). Гриф Академии наук стоит на обложке каждой из этих книг.

Нормативный словарь – словарь, фиксирующий нормы литературного языка, сохраняющий культурную языковую традицию. Академические словари – нормативные словари, но при этом нормативный словарь может не быть академическим. Например, «Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко не является академическим (его автор не работает в системе РАН), но словарь этот нормативный.

Самый полный орфографический словарь современного русского языка – это «Русский орфографический словарь», подготовленный Институтом русского языка им. В. В. Виноградова РАН (4-е изд. М., 2012), т. е. это академический словарь. В предисловии к 4-му изданию указано: «Словарь является нормативным справочником, отражающим лексику русского языка начала третьего тысячелетия и регламентирующим ее правописание».

См.: Когда нужны буквенные наращения после цифр?

Во-первых, вопрос о выделении корня по-разному решается при собственно морфемном и при словообразовательном анализе. А во-вторых, словообразовательный анализ может быть синхроническим и диахроническим, то есть его результаты зависят от того, рассматриваем ли мы язык в одну определенную эпоху или же анализируем изменения в нем на протяжении какого-то отрезка времени. Поэтому результат членения на морфемы может быть разным, и при этом во всех случаях правильным.

Главный лексикографический труд А. Н. Тихонова «Словообразовательный словарь русского языка» основан на синхроническом словообразовательном подходе, при котором корень приравнивается к непроизводной основе в современном языке. Исходя из того, что слово белорус семантически обособилось от слова белый, которое исторически являлось одним из производящих, непроизводная основа белорус- в этом словаре приравнивается к корню. Это результат применения синхронического словообразовательного анализа, результаты которого в ряде случаев были перенесены в «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова.

Необходимо отметить, что последовательное установление словообразовательных связей на синхроническом уровне во многих случаях является спорным. Например, слово великоросс А. Н. Тихонов рассматривает как сложное на том основании, что оно мотивировано устаревшим непроизводным словом росс, что не совсем корректно при синхроническом анализе.

При диахроническом словообразовательном анализе в слове белорус выделяются два корня (бел- и -рус) и соединительная гласная о; способ словообразования ― сложение.

Собственно морфемный анализ включает не только формо- и словообрзовательный анализ, но и членение по аналогии. При этом виде анализа непроизводные в синхроническом аспекте основы могут оказаться членимыми. Одним из примеров является слово белорус, которое включает два корня (бел- по аналогии с Белоозеро, белошвейка и т. п. и -рус по аналогии с рус-ист, рус-о-фил, угр-о-рус и т. п.) и соединительную гласную о-.

В «Морфемно-орфографическом словаре» собственно морфемное членение имеют многие сложные слова с первым корнем бел-, несмотря на то, что в их значении нет прямого соотношения со словом белый, например: бел-о-руч-к -а ‘тот, кто избегает физического труда, трудной или грязной работы’; бел-о-ус ‘травянистое растение семейства злаков с жёсткими щетиновидными листьями’ и др. То есть собственно морфемное членение в ряде случаев проводится вполне последовательно.

Основным словарем, отражающим морфемный состав слова, а не его словообразовательные связи, является «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой. Однако он содержит около 52 000 слов, практически в два раза меньше, чем «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова, так что не все слова в нем можно найти. Поэтому для анализа структуры слова прежде всего необходимо понимать принципы разных типов анализа.

ПРЕЖДЕ ВСЕГО, вводное выражение и наречное выражение

1. Вводное выражение. То же, что «во-первых, главное». Выделяется знаками препинания, обычно запятыми. Подробно о пунктуации при вводных словах см. в Приложении 2.

Прежде всего, – что это за прическа? И. Бунин, Легкое дыхание. Да и вообще ты это оставь; прежде всего, это невежливо. В. Гаршин, Встреча. Вот к Слову-то и надо, прежде всего, привить новое отношение, переставить его в конец житейского ряда… А. Битов, Записки гоя.

2. Наречное выражение. То же, что «сперва, вначале, в первую очередь». Не требует постановки знаков препинания.

Предатель в разведке прежде всего открывает имена друзей… Ю. Семенов, Отчаяние. Поговоривши с родителями невесты и получив согласие, Лапкин прежде всего побежал в сад и принялся искать Колю. А. Чехов, Злой мальчик. Ухаживая за девицей, обращай внимание прежде всего на наружность, ибо по наружности узнается характер особы. А. Чехов, Руководство для желающих жениться. «Я всей душой желал быть тем, чем вы хотели бы, чтоб я был; но я ни в ком никогда не находил помощи... Впрочем, я сам прежде всего виноват во всем. Помогите мне, научите меня и, может быть, я буду...» – Пьер не мог говорить дальше; он засопел носом и отвернулся. Л. Толстой, Война и мир.

@ Разграничить вводное и наречное выражение «прежде всего» может быть затруднительно. В спорных случаях решение о расстановке знаков препинания принимает автор текста.