При «встрече» сочинительного союза и подчинительного (или союзного слова) запятая между ними ставится или не ставится в зависимости от некоторых условий. Основанием для непостановки запятой служит то обстоятельство, что вторую придаточную часть нельзя без ущерба для смысла изъять из текста или переставить в другое место — в конец сложноподчиненного предложения. Так, запятая, как правило, не ставится после противительного союза а, даже если дальше не следует вторая часть двойного союза то, поскольку ни изъятие, ни перестановка придаточной части невозможны без перестройки главной части: Печально поглядывал он по сторонам, и ему становилось невыносимо жаль и небо, и землю, и лес, а когда самая высокая нотка свирели пронеслась протяжно в воздухе и задрожала, как голос плачущего человека, ему стало чрезвычайно горько и обидно на непорядок, который заменился в природе (Ч.). О союзе но в этом правиле не упоминается, и, на наш взгляд, в предложениях с таким союзом изъятие или перестановка придаточной части вполне возможны, поэтому запятая должна быть поставлена: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но, что бы он ни думал, я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе (ср.: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе, что бы он ни думал). В интересующем Вас предложении запятая нужна: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий, мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты (ср.: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий). 

Да, запятая в этом случае всё равно ставится (т. к. деепричастный оборот можно «оторвать» от союза и переставить в другое место предложения). Смущаясь от пылких взглядов – корректно.

Может быть, "продала больше, чем планировала продать"? Трудно продать то, что не выпущено.

Оборот "планировать к выпуску" возможен.

Последний отрывок - про церковь - как-то не укладывается в общий перечислительный ряд. Может быть, оформить его как отдельное предложение?

Что именно требует пояснения? Перед нами сочетание определяемого слова и приложения, вступающих в гипо-гиперонимические отношения (ср.: дерево береза, кофе эспрессо, день недели понедельник и т.д.). Оснований для использования прописной буквы нет. Основания для постановки кавычек - шаткие (кроме как традицией больше нечем объяснить).

Первые части Сан-, Сент- в названиях церквей, соборов тоже присоединяются дефисами, например: Сан-Пьетро ин Винколи, Сан-Лоренцо, Сан-Марко, Сент-Шапель.

Запятые не требуются.

Звание и для мужчины, и для женщины - прапорщик.

В данных примерах запятые перед "исходя из" ставить не нужно.

По-русски правильно: белорусский, белорус. И слово Белоруссия в русском языке никуда не исчезло, оно продолжает употребляться как неофициальное название государства (в официальных текстах – Республика Беларусь).