Запятая ставится.
Можно поставить запятую или тире.
Запятая ставится.
Оба варианта правильные.
Это наречие. Но в русском языке есть большое количество наречий (наречных сочетаний), образованных из предложно-падежных форм существительных, написание которых (слитное либо раздельное) определяется лишь письменной традицией и проверяется по орфографическому словарю. К таким наречиям относится и в придачу. Его написание просто нужно запомнить.
Сочетание по превышении порога будет иметь значение 'после превышения порога'. Если нужно выразить именно этот смысл, сочетание можно использовать.
В современном языке это слова с разными корнями.
Запятая показывает границу обстоятельственного оборота (помогает читателю найти эту границу). Она нужна только из этих соображений.
Возможны два варианта: «колышущееся» и «колыхающееся».
Запятая ставится.