Форма дверьми не является разговорной: дверьми и дверями равноправны. Форма зверьми находится за пределами современной нормы, правильно только зверями. Формы лошадьми и лошадями соответствуют норме, некоторые нормативные руководства форму лошадьми называют предпочтительной. Равноправными нормативными вариантами являются формы дочерьми и дочерями. Только окончание -ми соответствует норме в формах детьми и людьми. Творительный падеж на -ми встречается во фразеологических оборотах лечь костьми и бить плетьми.

Подобные сочетания действительно встречаются в повседневной речи: «А я тебе разве говорю про бить? — хмыкнул Степан». [В. Распутин. Последний срок]; «Сказать, что она была про приголубить и накормить, — тоже нет». [Г. Волчек. «Верю во взаимность во всем, не только в любви» // «Огонек», 2013]; ср. также: время на подумать, деньги на проезд и на поесть. 

Слово незыблемый образовано от глагола зыбить(ся), который относится к глаголам I спряжения, хотя и оканчивается на -ить (см. также брить и  зиждиться).  

Последняя из указанных запятых не нужна: Командировать Иванова Ивана Ивановича, ведущего специалиста, в Х область, г. Х, ОАО "Рога и копыта", 14 октября 2019 г. на 1 день для проведения выездной проверки...

Война Алой и Белой розы – устоявшийся термин. Зачем его менять?

Правописание слова кофе не изменилось. А вот с грамматикой сложнее. Дело в том, что в ряде словарей средний род существительного кофе признается возможным в разговорной речи.

Аббревиатура МИД традиционно употребляется как существительное мужского рода. Аббревиатура ООН - существительное женского рода.

Да, все так. Суффикс -ыш в русском языке есть, вот что пишет о нем академическая «Русская грамматика» (М., 1980): «Существительные с суф. -|и|ш, орфогр. -ыш (фонемат. |иш|), называющие действие, мотивированы префиксальными глаголами с компонентом играть: проигрыш, выигрыш, обыгрыш, подыгрыш, отыгрыш, наигрыш, розыгрыш (с отсечением конечной гласной инф. основы), а также глаголом выкидывать: выкидыш (с отсечением финали -ыва-)».

Существительное мужского рода мыш не отмечается словарями литературного языка, но оно встречается в диалектах, разговорной речи, художественных произведениях. Подобные примеры можно найти с помощью «Национального корпуса русского языка» или сервиса books.google.ru, см. также «Словарь русских народных говоров». Если автор использует слово мыш целенаправленно (например, как стилистическое средство), то исправлять его не нужно.