Рекомендуется поставить запятую. В предложении описывается последовательность событий, а не их одновременное протекание, так что обстоятельство обычно понимается как относящееся только к первой части сложносочиненного предложения: Обычно студенты попадали в сложившийся коллектив, и им приходилось подчиниться правилам коллектива, в котором...

Нормативными словарями современного русского языка существительное беспилотие не зафиксировано. Однако нам встречались редкие упоминания этого слова в качестве термина, которым обозначают отрасль беспилотной авиации.

Запятая перед одиночным союзом и, соединяющим части сложного предложения, не ставится, если они имеют общую, поясняемую ими, часть сложного предложения.

В этом случае второе тире опускается, потому что приложение предшествует определяемому слову. См. примечание 3 к параграфу 19.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Для постановки запятых после слов а и комнате нет оснований. Правильно: Над картиной художник работал не в мастерской, а в специально обставленной комнате и сам кроил чёрное одеяние для Ивана и серебристо-розовую рубаху для царевича.

Запятая действительно не нужна. В подобных случаях подразумевается главная часть при двух придаточных: [Мы расскажем,] как растение-агрессор добралось от Кавказа до Камчатки и что его может остановить.

При отсутствии союза и перед первым из перечисляющихся членов предложения соблюдается правило: если однородных членов предложения больше двух и союз и повторяется хотя бы дважды, запятая ставится между всеми однородными членами (в том числе и перед первым и): Она зашла в кабинет, и увидела мальчика, и повела его в столовую.

В первых двух примерах сравнительные обороты не входят в состав сказуемого, но тесно связаны с ним по смыслу; суть не в том, что надо вязать, а в том, как именно это надо делать: Вяжите как 48-й ряд. Вяжите как перед. В последнем примере сравнительный оборот уточняет обстоятельство с изнаночной стороны и, как любое уточнение, обособляется: Присоедините цепочку с изнаночной стороны, как в 48-м ряду.

Вы правы. Тире между подлежащим и сказуемым, которые выражены существительными в им. падеже, не ставится, если «при сказуемом-существительном имеется отрицание» (Правила русской орфографии и пунктуации. М., 2006, § 15, п. 3). В предложении из диктанта не является приставкой имени прилагательного, она не влияет на пунктуацию, по основному правилу между подлежащим-существительным и сказуемым-существительным нужно ставить тире.

А вот предложение из базы вопросов неоднозначное. Здесь не относится к прилагательному, но это не приставка, а частица. Подобных примеров в справочниках по пунктуации нет. Но можно опираться на общий принцип: между существительными при наличии отрицания тире ставится или нет в зависимости от желания автора интонационно разделить группу подлежащего и группу сказуемого, акцентировать каждый из компонентов предложения. 

Вводные слова и предложения выделяются запятыми, вводные предложения могут выделяться тире (например: Есть у нас везде — думалось мне — даже и в такой дыре, Скобелеве, свои люди). Правилами регламентирована пунктуация при двух вводных словах:

«При сочетании двух вводных слов между ними ставится запятая: Чего доброго, пожалуй, и женится, из умиления души (Дост.); Стало быть, по-вашему, физическим трудом должны заниматься все без исключения? (Ч.); Признаться, право, было б жаль мне опечалить их [отца и мать] (Л.); Не надо нас мужикам-то, не ровён час, пожалуй, и в шею накладут (М.-С.)» (Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Пунктуация. § 25, п. 3).

В Вашем предложении лучше следовать приведенному правилу и поставить две запятые: ...а во-вторых, думалось мне, пусть постепенно приучается к тому...