В этом предложении действие, названное оборотом со словами исходя из, не соотносится с действующим лицом, что не предполагает обособления: ...для каждого был разработан свой план интеграции на рабочем месте исходя из индивидуальной программы реабилитации.

Об исключениях нельзя говорить вне правила. Формулировки правила могут быть разными, они могут строиться на разных критериях и потому охватывать не полностью совпадающий языковой материал. От критерия, положенного в основу правила, зависят и исключения. 

Если правило об и/ы после приставки на согласный формулируется так, что исключением оказывается слово взимать, то в исключения попадают производные от него слова взиматься, взимание. Предлагаем сравнить формулировки правила, например, в «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года, полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» 2006 года (§ 11, п. 4), ресурсе «Орфографическое комментирование русского словаря» (правило 8).

Теоретически такие формы образовать можно (вакуумы, вакуумов...), но трудно представить себе контекст, в котором они бы понадобились. На практике слово вакуум во множественном числе не употребляется.

Употребляется. В словарях формы мн. ч. указываются, как правило, только в том случае, если они образованы нестандартно. При этом всегда поможет "Грамматический словарь" А. А. Зализняка.

Существуют оба прилагательных, но они обозначают разные понятия и образованы от разных существительных: транзакция (термин из области программирования) и трансакция (слово из политической, финансовой, юридической сфер).

Да, род в таком случае указывается. Но следует помнить, что у существительных, не имеющих форм единственного числа (ножницы, сливки), род определить нельзя. Они вне родовой характеристики.

В некоторых изданиях (см., напр.: Ефремова Т. Ф. Новый словарь русского языка. Толково-словообразовательный. М., 2000) зафиксированы слова натюрмортист и натюрморист. Но они малоупотребительны. Лучше сказать: мастер натюрморта.

Слова одуванчик и дуть, безусловно, родственные (одуванчик восходит к дуть), но в современном русском языке однокоренными они уже не являются. Сейчас в слове одуванчик выделяется корень одуванчик.

Возможно разделение определений запятыми в качестве однородных (поскольку они характеризуют человека с одной - негативной - стороны). Но при этом можно найти доводы и за отсутствие запятой.