Если не поставить вторую запятую, то получится, что части только когда закончились все чистые тарелки или разбрасываете по комнате вещи однородны. Формально это, конечно, возможно, но по смыслу все же нет. Вряд ли можно мыть посуду, когда разбрасываешь вещи.
Если предложение из официально-деловой речи, где важна точность, то лучше выбрать второй вариант. В менее строгих условиях возможен и первый вариант, если смысл понятен по контексту.
Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное существительное (вин. пад. микробов), и как неодушевленное (вин. пад. микробы). Важно, чтобы в одном тексте использовался один вариант.
По правилам оформления прямой речи корректно: Он пытается объяснить ситуацию своему тренеру, но тот просто говорит: «Не волнуйся, сейчас я его подправлю» — и садится в седло.
Случаи связи словосочетания и простого предложения с помощью союза и (а здесь именно такой случай) в справочниках по русской пунктуации не кодифицированы. В практике письма запятая обычно не ставится, что логично: простое предложение (в данном случае как я с ним справился) приравнивается по функции к слову (словосочетанию), а если два слова (словосочетания) соединены союзом и, запятая перед ним не ставится. Сравним: О моём первом задании и об успешном его выполнении.
Названия в кавычках можно рассматривать как поясняющие слова к пункт N. Однако сочетания типа п. 5 «Установка» можно считать и единым названием, тогда запятая не нужна. Второй вариант лучше. Запятая коммуникативно избыточна.
В сочетании со словом проведение слово руководство воспринимается как обозначение процесса, отсюда желание использовать форму тв. падежа: руководство (чем?) проведением. Ср.: взять на себя руководство поисковыми работами, доверить кому-либо руководство институтом. Слово руководство в значении 'руководители' сочетается с формами род. падежа наименований организаций: руководство (чего?) Союза писателей, театра, института. Поэтому о руководителях лучше сказать: руководство конкурса. Смысл выражения при его сокращении сохраняется.
Запятая не нужна: здесь разделительный одиночный союз или.
Запятая нужна: здесь она ставится перед распространенными определениями, стоящими после определяемого слова.
Верно: научно обоснованные.