А. С. Пушкин — это, конечно, не одно слово, а три, только два из них сокращены. Первые буквы имени и отчества, или имени и фамилии, или имени, отчества и фамилии называются инициалами. Инициалы относятся к графическим сокращениям. Приведем другие примеры графических сокращений: зав. кафедрой, Ин-т рус. яз. Все графические сокращения не являются словами в отличие от аббревиатур (сложносокращенных слов). Примеры аббревиатур: завкафедрой, ИРЯ (Институт русского языка). О графических сокращениях и аббревиатурах можно почитать в правилах орфографии. 

Заглавная буква не в начале слова встречается в дефисно пишущихся сочетаниях (например, Нью-Йорк, пол-Европы), аббревиатурах (например, КамАЗ). Модное веяние нашего времени — писать заглавную букву в словах-названиях типа АвтоМотоКлуб, но такое написание не закреплено правилами орфографии и не рекомендуется.

Лучше поставить вместо тире скобки: Жвачные животные, используемые в сельском хозяйстве (не только коровы, но также овцы, козы, верблюды, свиньи и лошади), ежегодно выпускают в атмосферу почти треть всех антропогенных метановых выбросов.

Запятая ставится после скобок.

На наш взгляд, стоит смириться с существованием разных подходов.

От прилагательного любительский образуются существительные любительщина и любительство. Однако в Вашем предложении лучше употребить сочетание любительский уровень.

Такое употребление некорректно. Можно сказать лишь примерно так: согласно мнению Иванова (токаря, друга). 

Предпочтительно: РЖД (компания) ввела.

В фамилии известного писателя Н. С. Лескова ударение падает на о. Это указано в любом энциклопедическом словаре.

Да, Вы правы. Скорее всего – вводное сочетание, а слово наверняка обычно не выделяется как вводное.

Норма русского языка: поняли. Но мы не уверены, что распространенный у Вас на работе вариант – именно ошибка (незнание нормы). Можно предположить, что кто-то один употребил это слово с ударением на последнем слоге в шутку (или оговорился), а другие включились в языковую игру.