Корректно: крупнейшая, надежная специализированная компания. Однородными можно считать только первые два определения.
В обоих словах выделяется корень -шпиль-, поэтому следует считать эти слова однокоренными.
Можно в целях упрощения считать вводное предложение вводными словами и соответственно осуществлять разбор.
Управление (если считать "лесом" формой существительного) или примыкание (если рассматривать "лесом" как наречие).
Звуков - множество. Гласных фонем традиционно выделяют пять (если не считать фонемы Ы).
Колодезный - производное от колодезь, поэтому слова колодец и колодезный нельзя считать однокоренными.
Можно считать прилагательное верблюжий в приведенном значении относительным, хотя склоняется оно как притяжательное.
Запятая ставится по усмотрению автора (если считать полностью цифровая пояснением, то запятая ставится).
