Да, поясняющее приложение нужно отделить запятой или тире: У него был верный друг — щенок Шарик; У него был верный друг, щенок Шарик.
В кавычки заключается несогласованное определение: цвет "оружейный металл", но цвет оружейного металла, окрашен под оружейный металл.
На наш взгляд, вполне достаточно: за особые успехи в изучении биологии. Слова учебный предмет лишние.
Представляющим – форма творительного падежа, напр.: памятником, представляющим собой... Представляющем – форма предложного падежа, напр.: о памятнике, представляющем собой...
Где Вы предлагаете поставить запятую?
Запятая не нужна, так как у придаточных предложений есть общая главная часть.
Верно: Вы достигнете абсолютной гармонии с самим собой.
Возможно: Было примерно около двух часов; тьма стала как будто еще плотнее.
В этом случае пишется НИ.