Правильно: обучался в Самарском областном институте, с родовым наименованием ГОУ название заключается в кавычки и не склоняется: обучался в ГОУ «Самарский областной институт».

Извините – общеупотребительная, стилистически нейтральная, рекомендуемая к использованию форма вежливого извинения в современном русском языке. Извиняюсь – разговорная форма, которая редко воспринимается носителями языка как выражающая сожаление, искреннее раскаяние.

Тире стоит правильно.

Тире ставится в предложениях, состоящих из двух компонентов со значением субъекта, объекта, обстоятельства (в разных сочетаниях) и построенных по схемам: «кто — кому», «кто — где», «что — кому», «что — куда», «что — как», «что — где», «что — за что» и др.

Верно: Размер такого обеспечения исполнения обязательств должен быть указан заказчиком в извещении, в случае если такая обеспечительная мера применяется при проведении закупочной процедуры.

Подробное объяснение Вы найдете в "Справочнике по пунктуации".

Обычно слова после не предусматривает ставятся в форме родительного падежа.

Верно: Плазмида одной клетки (донора) переходит в другую клетку (реципиента).

Если имеются в виду кавычки при прямой речи, то нередко в газетных текстах кавычки опускают. О знаках при прямой речи см. в Правилах.

Правильно: Три сотрудницы ушли в декрет. Собирательные числительные (двое, трое, четверо...) в литературном языке не употребляются со словами, называющими лиц женского пола.

Слова опробировать нет в словарях, потому что его нет в русском литературном языке. Есть слова апробировать (официально одобрить) и опробовать (подвергнуть испытанию; проверить надежность). Какой смысл нужно передать в приведенном Вами примере?

Знаки препинания расставлены правильно. Тире здесь использовано для отделения присоединительной конструкции в конце предложения (см. параграф 84 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).