В слове ручьи есть звук [й], он предпоследний. 

После разделительного мягкого знака буква и в ударной позиции обозначает два звука [jи] (в безударной – и неслоговой и и с призвуком э), хотя обычно в школе об этом не сообщается, т. к. после гласных перед и звук [j] чаще всего не произносится и букву и не называют йотированной.

Слова такие как сопровождают ряд однородных членов после обобщающего слова, в данном случае это слово пиратов. Этот ряд имеет поясняюще-конкретизирующее значение и потому нуждается в обособлении. Справочники обращают внимание на то, что в подобных случаях после слов такие как не требуется двоеточие. Следовательно, корректно: Множество знаменитых пиратов, таких как Уильям Кидд, Роберт Друри и др., жили на острове и грабили купцов.

Запятая в заголовке нужна: она отделяет причастный оборот от определяемого слова. Если заголовок оканчивается причастным оборотом, то после него запятую ставить не нужно: Правила, сохраняющие жизнь. Заголовок, упоминаемый в тексте, заключается в кавычки — они являются сильным выделительным знаком, так что и в этом случае запятая после причастного оборота не нужна, например: Плакат «Правила, сохраняющие жизнь» кто-то убрал со стены.

Запятая нужна только в том случае, если оборот Расположенный в одном из престижнейших районов южной столицы имеет добавочное обстоятельственное значение (причинное: «Клубный дом» отвечает самым высоким требованиям, потому что он расположен в одном из престижнейших районов южной столицы), в этом случае после слова столицы будет пауза при чтении. Если такого оттенка значения нет (и нет паузы после слова столицы), запятая не нужна.

Если деепричастие в составе определительной придаточной части имеет в качестве зависимого слова союзное слово который, то деепричастный оборот не обособляется.

Также обратите внимание, что в предложении не хватает запятой после слова грезы (после придаточного).

Верно: Это было красивое место, увидев которое ты чувствуешь, как в душе рождаются, словно смутные стихи, самые неистовые грезы, и где испытываешь настоящую тоску, почему-то не видя их вокруг.

Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Со строчной буквы пишется слово после многоточия, например, в цитатах: после открывающих кавычек для указания, что цитата приводится не с начала предложения; в середине цитаты, когда пропущена часть текста внутри ее. А также в предложениях, где многоточие ставится для обозначения незаконченности высказывания, для указания на перерывы речи, неожиданный переход от одной мысли к другой: Вот я... выздоровлю, я... вас... вынесу! (Горький).

Можно поставить запятую, если слово наконец указывает на ход мыслей, порядок их изложения.

Конгениальный – близкий, сходный по духу, образу мыслей, таланту и т. п. (перевод конгениален оригиналу).