Орфографическая разница связана с суффиксом первой части. Слово плодово-ягодный пишется по правилу: сложные прилагательные с сочинительным отношением основ и суффиксом в первой части пишутся через дефис, см. также здесь. Слово плодоягодный из словарной области, так как суффикса в первой части нет, см. также здесь.
Запятая нужна. Сочетание аты-баты, задающее ритм считалке, близко к междометию. Оно, как и междометие, не является членом предложения, не связано с другими словами в предложении, имеет самостоятельное интонационное оформление. Отсутствие запятой, полагаем, ошибкой является, однако не такой ошибкой, за которую следует снижать оценку в школе.
Дело здесь не в расстановке запятых. Предложение построено неправильно, ошибка в употреблении деепричастных оборотов: они не связаны с подлежащим (мысль). Всё предложение надо править. Например: Смотря на то, как растекается густая красная жидкость по водоёму, и покручивая в руках только что добытый клинок, я подумал...
По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.
Разные рекомендации связаны с тем, что это слово, осваиваясь в языке, испытывало колебания в написании (что очень часто происходит с недавно заимствованными словами), а словарной фиксации не было. Теперь она появилась. Кол-центр – такое написание зафиксировано в 4-м издании «Русского орфографического словаря» РАН (М., 2012).
Несоответствие связано с происхождением слов. Диффузия восходит к латинскому diffusio и попало в русский язык через посредство немецкого (Diffusion) и/или французского (diffusion). Родственный глагол диффундировать (он означает 'проникать, смешиваться путем диффузии; самопроизвольно распространяться во все стороны') также заимствовано из латыни (diffundere) через немецкий (diffundieren).
В тексте название премии нужно писать в кавычках. В орфографических словарях, которые призваны показывать собственно орфографическую форму (буквенный состав, слитное/дефисное/раздельное написание), кавычки, являющиеся пунктуационным знаком, часто не используют. Прежде всего, это связано с тем, что кавычки в начале словарной статьи затрудняют поиск слов в словаре.
В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой употребление предлога в в сочетании со словом Крым объясняется тем, что Крым воспринимается как пространство, частично ограниченное горами (а с представлением об ограниченном пространстве связано употребление предлога в).
В отмеченных местах запятые не нужны. Если союз как имеет значение «в качестве», то присоединяемый им оборот не является приложением и не обособляется (предложения 1 и 2). Не выделяются запятыми обороты с союзом как, если они тесно связаны по смыслу со сказуемым (предложение 3). Также см. «Правила».
Разница в написании связана с тем, что барокко — название художественного стиля, а Возрождение — название целой исторической эпохи (периода в культурном и идейном развитии ряда стран Европы XIV—XVI веков, для которого было характерно обращение к гуманистическому мировоззрению, идеалам красоты и гармонии античной культуры).
