Правило гласит:

Если корень оканчивается на ч, то пишутся: буква а в формах глагола скака́ть и производных от него глаголов (напр.: скачу́, скачи́, обскачу́, обскачи́, поскачу́, поскачи́), а также в слове скачо́к (проверкой служат формы тех же глаголов – напр., ска́чет, поска́чем, и производные ска́чка, вска́чь); буква о – в приставочных глаголах на −скочить (напр.: вскочи́ть, вскочу́, вскочи́, вы́скочить, вы́скочу, вы́скочи, соскочи́ть, подскочи́ть) и в слове вы́скочка (проверка – формами тех же глаголов, кроме вы́скочить: вско́чит, соско́чат и т. п.).

Ср.: проскачу́ (сто вёрст), проскачи́ (формы глагола проскака́ть, проска́чет) и проскочу́, проскочи́ (формы глагола проскочи́ть, проско́чит); подскачу́, подскачи́ (формы глагола подскака́ть, подска́чет ‘приблизиться вскачь’) и подскочу́, подскочи́ (формы глагола подскочи́ть, подско́чит ‘быстрым движением приблизиться к кому чему н. или резко подняться’).

В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Правила Вы найдете здесь.

1. Корректно: сайт, интернет-сайт (несмотря на смысловую избыточность).

2. Не выделяется знаками препинания слово «конечно» в начале ответной реплики, произносимой тоном уверенности, убежденности.  В остальных случаях запятые нужны.

Мы обычно используем курсив. Так уж повелось, что в словарях и справочниках примеры обычно выделяют курсивом, мы следуем этой традиции.

В данном случае правила как такового нет. Можно говорить о синтаксических нормах современного русского языка, которые предполагают, что при нейтральном словопорядке в субстантивных словосочетаниях определяющее предшествует определяемому, что ярче всего проявляется в сочетаниях «прилагательное + существительное» (голубое небо, но не небо голубое). Та же тенденция реализуется и при сочетании личного имени с т. н. аппозитивным определяющим (приложением): художник Смирнов, сантехник Петров, президент Сидоров. Ср. утверждение из «Русской корпусной грамматики»: «В прототипических аппозициях с именем собственным типа поэт Иванов базовый порядок в русском языке предполагает предшествование сортового имени имени собственному» (раздел написан Н. Н. Логвиновой). При этом предполагается, что в прошлом случаи постпозиции приложения были гораздо более распространены, следами чего являются сочетания типа Максим Грек, Николай Чудотворец и т. п.

В орфографических словарях и справочниках по-прежнему указывается, что местоимения Вы и Ваш пишутся с прописной буквы как форма вежливого обращения к одному лицу в текстах следующих жанров: письма; официальные документы (заявления, служебные записки и др.); тексты, которые предназначены для многократного использования (анкеты, листовки), но которые при каждом использовании прочитываются одним конкретным адресатом. При обращении к нескольким лицам или неопределенному кругу лиц местоимения вы, ваш пишутся со строчной буквы.

Вы правы в том, что в современном пространстве онлайн-коммуникации (письменной по форме, но устной по содержанию) некоторые правила, сформулированные для «обычного» русского литературного языка, перестают работать. Отношение к написанию местоимения вы с прописной буквы в этой логике тоже пересматривается: оно кажется слишком официальным, устанавливающим слишком большую дистанцию, проявлением уже не вежливости, а неуместного официоза. Ведь интернет-общение как будто предполагает гораздо меньшую дистанцию между собеседниками, чем официальная переписка.

И всё же не будем забывать, что официальное общение тоже сейчас может вестись в тех же мессенджерах. И в этом же пространстве коммуникации остаются носители языка, для которых обращение на Вы с большой буквы нормально и естественно, а вы с маленькой буквы по отношению к себе они воспримут как едва ли не хамство. Поэтому можно порекомендовать по умолчанию обращаться к незнакомому или малознакомому собеседнику (особенно если он старше по возрасту или должности) всё-таки на Вы с большой буквы, как того требуют нормы этикета. А дальше уже непосредственно в ходе коммуникации договориться о формате общения (на Вы или на вы, а может, даже и на ты, по имени и отчеству или только по имени и т. д.). Не будем забывать, что употребление местоимения вы вместо ты при обращении к одному лицу само по себе уже представляет проявление уважительного отношения к этому лицу.

Раздельное написание в дали в приведенном примере не является ошибкой.