После в частности запятая не ставится. Не вполне ясно, где заканчивается присоединительный оборот. Если последнее слово оборота – камня, то после него нужно поставить запятую. Если конец оборота совпадает с концом предложения, то другие знаки не нужны.
Слова в частности обычно выделяются запятыми как вводные, а в составе присоединительного оборота обособляются вместе с относящимися к ним словами. Однако не ставятся запятые в конструкции ...вообще и ...в частности.
В приведенном Вами предложении запятая нужна.
Корректно: Рассмотрим три числа — такие, что их сумма равна... Слово такие вводит пояснительную конструкцию, поэтому перед ним нужно поставить тире или запятую; перед союзом что нужна запятая, так как он начинает придаточную часть сложноподчиненного предложения.
Постановка запятой в этом случае факультативна, окончательное решение принимает автор текста. А вот если придаточная часть состоит из одного только союзного слова, запятая не ставится: В комнате пахло чем-то странным, но он не мог понять чем.
Поскольку предложение приведено не полностью, ответить на вопрос не представляется возможным.
Если оба простых предложения в составе сложносочиненного являются восклицательными, запятая перед союзом и не ставится. Если же первая часть предложения произносится не с восклицательной интонацией, запятую надо поставить: Корабль остался без топлива, и вдобавок на меня напали!
Не вполне ясно, в каких случаях в предложении за точкой может следовать запятая – разве что точка употребляется как знак сокращения? В любом случае такая замена невозможна: у точки с запятой есть свои сферы функционирования, оговоренные правилами правописания.
Запятая в данном случае факультативна. Ее отсутствие будет означать, что прилагательное глухой употреблено здесь в значении 'густо, сплошь заросший', тогда как постановка запятой укажет на однородность определений глухой и загадочный (темный, непроницаемый, отчего кажется загадочным).
Запятая не требуется: Для этого необходимо перейти на другие, более высокоэнергетичные фотоны, которые через данный слой плазмы могут пробиться. Сочетание более высокоэнергетичные — это пояснительное согласованное определение, оно не выделяется, а только отделяется от поясняемого определения запятой.
В сочетании а значит союз и вводное слово образуют единство. В таких случаях между союзом и вводным словом запятая не ставится, а после вводного слова ставится, то есть сочетание выделяется с обеих сторон запятыми (см. параграф 95 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Вместе с тем в практике письма, как Вы верно заметили, частотна постановка тире вместо запятой после этого сочетания. По наблюдениям исследователей, такое происходит не только с сочетанием а значит, но и с множеством других вводных конструкций. В этом случае постановку тире вместо запятой нет оснований считать ошибкой: никакие принципы русской пунктуации здесь не нарушаются. При этом постановка двух знаков сразу — и запятой, и тире — явно избыточна.
